# Les principes FAIR
Author: François Pelletier

François Pelletier

28 novembre 2023

## Les principes FAIR

## Objectif

Rendre les données de recherche réutilisables par les individus et les machines.

## Enjeux actuels avec les données

- Données massives
- Complexité des données
- Trouver ce qui existe déjà
- Déplacer et stocker les données

## Données massives

## Complexité des données

- Multidisciplinaires
- Méthodes et instruments complexes
- Logiciels et matériel requis
- Environnement légal et éthique

## Trouver ce qui existe déjà

- Trouver un article
  - Bibliothèque: Sofia 🎯
  - Google Scholar
  - arXiv
- Télécharger l’article
  - Bibliothèque 📚,
  - Payer 💸
  - 🐦‍⬛

## Trouver ce qui existe déjà

- Trouver les données qui vont avec:
  - Pas évident 🧗
- Ouvrir les données:
  - Surprise 🤡

## Déplacer et stocker les données

- Médias physiques: Livres, Microfiches, VHS, Disques 🦣︎
  - Enjeu de dégradation des supports
- Logiciels partagés Microsoft 365: SharePoint, Teams, … 🌩︎
  - Enjeu de pérennité et d’authenticité
  - Risque de fouillis

## Déplacer et stocker les données

- Serveurs: VALERIA, Alliance (Calcul Canada), SFTP, GLOBUS, S3, GitLab, Pixel/Subversion 🖥︎
  - Enjeux d’accès, permissions, complexité … ça s’apprend, mais c’est moins intuitif !
  - En savoir plus après aujourd’hui !

## Que signifie FAIR ?

## Définitions formelles

- FAIR a été défini par Wilkinson, M. D. et al. (2016)
- Définition du Savoir Libre qui a inspiré FAIR, par l’Open Knowledge Foundation.

## Qu’est-ce qui est concerné par FAIR?

Tous les actifs numériques produits par des activités de recherche

- Données quantitatives et qualitatives
- Figures
- Multimédia
- Texte
- Code informatique
- Protocole de recherche
- Plans et instructions de fabrication

## Findable (découvrable)

- Identifiant unique
  - DOI: Digital object identifier
    - Pour des actifs numériques de recherche
    - DOI Handbook
  - URI: Uniform Resource Identifier:
    - Pour tout ce qui est accessible sur le web
    - Inclus tous les fichiers et pages web
    - S’applique aussi à des concepts et des entités.
    - Fondement du web sémantique (web 3.0)

## Findable (découvrable)

- Métadonnées
  - Plus elles sont détaillées, plus elles renseignent les moteurs de recherche
    - Schema.org: Guide de métadonnées et vocabulaires
    - Wikidata: Un exemple de structure
    - DataCite

## Findable (découvrable)

- Indexation
  - Dépôts de données
    - Borealis
    - Dataverse
    - Zenodo
    - CKAN - À installer sur son propre serveur. Utilisé dans plusieurs gouvernements dont le Canada, le Québec et la Ville de Montréal.

## Findable (découvrable)

- Indexation
  - Moteurs de recherche
    - Google Datasets
  - Plateformes grand public
    - Data World - Dépôt de données commercial
    - Kaggle - Données de concours, la documentation et les métadonnées peuvent être limitées

## Accessible

- Métadonnées
  - Normalisées (j’y reviens)
  - Identifiant unique (URI, mentionné ci-haut)
  - Licence d’utilisation
    - Open Database License
    - Creative Commons License

## Accessible

- Protocole d’accès aux métadonnées
  - Caractéristiques
    - Libre: Aucune restriction d’usage
    - Ouvert: Documenté
    - Universel: Utilisable avec plusieurs médias
  - Permission: Authentification et Autorisation
  - Exemples: HTTPS, FTP, Courriel, Téléphone, Poste

## Accessible

- Métadonnées indépendantes des données
  - Si les données expirent ou on reçoit une demande de suppression, les métadonnées gardent trace
  - Publiques (si les données sont confidentielles)

## Interoperable

- Représentation des connaissances
  - Formalisé
  - Accessible
  - Partagé
  - Applicables à plusieurs contextes

## Interoperable

crayola-excel.png

## Interoperable

- Formats de données ouverts
  - Référentiel général d’interopérabilité (France)
  - CSV, JSON, XML, formats spécialisés (DICOM en médecine)
  - Dites non aux fichiers Excel “Crayola” Junk Charts

## Interoperable

- Vocabulaire
  - Taxonomie (vient de la biologie, utilisé dans d’autres sciences)
  - Ontologies
    - BioPortal
    - EU Semantic Interoperability Catalogue
    - Logiciel Protégé
  - FAIR aussi (récursivité)
    - Enjeu souvent rencontré, le papier existe, l’ontologie n’a jamais été publiée 😭

## Reusable (réutilisable)

- Description riche
  - Pourquoi les données ont été collectées
  - Enjeux et limitations des données
  - Dates, conditions, personnel, paramètres de collecte
  - Données brutes ou traitées
  - Expliquer les noms des variables (si pas dans un vocabulaire contrôlé)
  - Version

## Reusable (réutilisable)

- Licence d’utilisation claire et accessible (interopérabilité légale)
- Source
  - Références
  - Lignage (qui, quand, comment, avec quoi)
  - Code informatique de traitement
  - Encodage (ISO-8859-1, UTF-8 …)

## Reusable (réutilisable)

- Normes de pratique du domaine
  - Schémas de métadonnées
    - Mentionner quel standard suivent les données

## Pourquoi appliquer les principes FAIR

- Qualité des données
- Revalorisation
- Pérennité
- Méta-analyses
- Cycle de vie
- Transparence

## Qualité des données

- Augmenter la qualité des données de recherche
  - Données complètes et intègres
  - Sources vérifiables
  - Validité (domaines de valeurs)
  - Temporalité (cycle de vie, on y revient)

## Revalorisation

- Créer des collections de données de recherche

## Pérennité

- Assurer la pérennité des résultats de recherche et des publications.
- Reproductibilité
- Autonomie dans l’usage de données de recherche

## Méta-analyses

- L’interopérabilité permet de faire des méta-analyses sans devoir convertir les données dans d’autres formats ou trouver des équivalences de vocabulaire

## Cycle de vie

- Gestion de projet
- Gestion des consentements (gouvernance)
- Facilite l’élaboration de plan de gestion de données
- Facilite la mise à jour des résultats (automatisation)

## Transparence

- Favoriser la reddition de compte et la demande de financement public
- Augmenter la valeur et l’impact à long terme de la recherche
  - Réduire les rétractations
  - Améliorer l’opinion publique et l’acceptabilité sociale (surtout avec les données médicales, ex: Cancer)

## Références

- Wilkinson, M. D. et al. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. Sci. Data 3:160018 doi: https://dx.doi.org/10.1038/sdata.2016.18 (2016).
- Open Knowledge Foundation. Définition du Savoir Libre. Version: 1.1 https://opendefinition.org/od/1.1/fr/
- Go FAIR. FAIR Principles https://www.go-fair.org/fair-principles/
- OpenAIRE. How to make your data FAIR. https://www.openaire.eu/how-to-make-your-data-fair

## Licence

Les principes FAIR (c) par François Pelletier

francois.pelletier.6@ulaval.ca

Les principes FAIR est disponible sous la licence Creative Commons Attribution 4.0 International License. Vous devriez avoir reçu une copie de la licence avec cette oeuvre. Sinon, voir https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/.