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author: François Pelletier
title: Les principes FAIR
date: 28 novembre 2023
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## Les principes FAIR

## Objectif

Rendre les données de recherche réutilisables par les individus et les machines.

## Enjeux actuels avec les données

- Données massives
- Complexité des données
- Trouver ce qui existe déjà
- Déplacer et stocker les données

## Données massives

![- Volume - Variété - Vélocité - Véracité - Valeur](donnees-massives.png "Les 5 V des données massives"){ height=640px }\

## Complexité des données 

- Multidisciplinaires
- Méthodes et instruments complexes
- Logiciels et matériel requis
- Environnement légal et éthique

## Trouver ce qui existe déjà

- Trouver un article
  - Bibliothèque: [Sofia](https://www.bibl.ulaval.ca/) 🎯
  - [Google Scholar](https://scholar.google.ca/)
  - [arXiv](https://arxiv.org/)
- Télécharger l'article
  - Bibliothèque 📚, 
  - Payer 💸 
  - 🐦‍⬛

## Trouver ce qui existe déjà

- Trouver les données qui vont avec: 
  - Pas évident 🧗
- Ouvrir les données: 
  - Surprise 🤡

## Déplacer et stocker les données

- Médias physiques: Livres, Microfiches, VHS, Disques 🦣︎
  - Enjeu de dégradation des supports
- Logiciels partagés Microsoft 365: SharePoint, Teams, ... 🌩︎
  - Enjeu de pérennité et d'authenticité
  - Risque de fouillis

## Déplacer et stocker les données

- Serveurs: VALERIA, Alliance (Calcul Canada), SFTP, GLOBUS, S3, GitLab, Pixel/Subversion 🖥︎
  - Enjeux d'accès, permissions, complexité ... ça s'apprend, mais c'est moins intuitif !
  - En savoir plus après aujourd'hui !

## Que signifie FAIR ?

![Findable, Accessible, Interoperable, Reusable dans un diagramme de Venn. L'intersection est FAIR](Principes FAIR.png "Principes FAIR"){ height=640px }\ 

## Définitions formelles

- FAIR a été défini par [Wilkinson, M. D. et al. (2016)](https://www.nature.com/articles/sdata201618)
- [Définition du Savoir Libre](https://opendefinition.org/od/1.1/fr/) qui a inspiré FAIR, par l'Open Knowledge Foundation.

## Qu'est-ce qui est concerné par FAIR?

Tous les actifs numériques produits par des activités de recherche

- Données quantitatives et qualitatives
- Figures
- Multimédia
- Texte
- Code informatique
- Protocole de recherche
- Plans et instructions de fabrication

## Findable (découvrable)

- Identifiant unique
  - DOI: Digital object identifier
    - Pour des actifs numériques de recherche
    - [DOI Handbook](https://doi.org/10.1000/182)
  - URI: Uniform Resource Identifier: 
    - Pour tout ce qui est accessible sur le web
    - Inclus tous les fichiers et pages web
    - S'applique aussi à des concepts et des entités.
    - Fondement du [web sémantique (web 3.0)](https://www.w3.org/2001/sw/)

## Findable (découvrable)

- Métadonnées
  - Plus elles sont détaillées, plus elles renseignent les moteurs de recherche
    - [Schema.org](https://schema.org/): Guide de métadonnées et vocabulaires
    - [Wikidata](https://www.wikidata.org/): Un exemple de structure
    - [DataCite](https://schema.datacite.org/)

## Findable (découvrable)

- Indexation
  - Dépôts de données
    - [Borealis](https://borealisdata.ca/)
    - [Dataverse](https://dataverse.org/)
    - [Zenodo](https://zenodo.org/)
    - [CKAN](https://ckan.org/) - À installer sur son propre serveur. Utilisé dans plusieurs gouvernements dont le Canada, le Québec et la Ville de Montréal.

## Findable (découvrable)

- Indexation
  - Moteurs de recherche
    - [Google Datasets](https://datasetsearch.research.google.com/)
  - Plateformes grand public
    - [Data World](https://data.world/) - Dépôt de données commercial
    - [Kaggle](https://www.kaggle.com/) - Données de concours, la documentation et les métadonnées peuvent être limitées

## Accessible

- Métadonnées
  - **Normalisées** (j'y reviens)
  - Identifiant **unique** (URI, mentionné ci-haut)
  - **Licence** d'utilisation
    - [Open Database License](https://opendatacommons.org/licenses/odbl/)
    - [Creative Commons License](https://creativecommons.org/share-your-work/cclicenses/)

## Accessible

- Protocole d'accès aux métadonnées
  - Caractéristiques
    - **Libre**: Aucune restriction d'usage
    - **Ouvert**: Documenté
    - **Universel**: Utilisable avec plusieurs médias
  - Permission: Authentification et Autorisation
  - Exemples: HTTPS, FTP, Courriel, Téléphone, Poste

## Accessible

- Métadonnées indépendantes des données
  - Si les données expirent ou on reçoit une demande de suppression, les métadonnées gardent trace
  - Publiques (si les données sont confidentielles)

## Interoperable

- Représentation des connaissances
  - Formalisé
  - Accessible
  - Partagé
  - Applicables à plusieurs contextes

## Interoperable

![crayola-excel.png](crayola-excel.png)

## Interoperable

- Formats de données ouverts
  - [Référentiel général d'interopérabilité (France)](https://www.numerique.gouv.fr/publications/interoperabilite/)
  - CSV, JSON, XML, formats spécialisés (DICOM en médecine)
  - Dites non aux fichiers Excel "Crayola" [Junk Charts](https://junkcharts.typepad.com/junk_charts/)

## Interoperable

![langfr-800px-Taxonomic_hierarchy.svg.png](langfr-800px-Taxonomic_hierarchy.svg.png){ height=640px }\

## Interoperable

- Vocabulaire
  - Taxonomie (vient de la biologie, utilisé dans d'autres sciences)
  - Ontologies
    - [BioPortal](https://bioportal.bioontology.org/ontologies)
    - [EU Semantic Interoperability Catalogue](https://joinup.ec.europa.eu/collection/eu-semantic-interoperability-catalogue)
    - [Logiciel Protégé](https://protege.stanford.edu/)
  - FAIR aussi (récursivité)
    - Enjeu souvent rencontré, le papier existe, l'ontologie n'a jamais été publiée 😭

## Reusable (réutilisable)

- Description riche
  - **Pourquoi** les données ont été collectées
  - **Enjeux et limitations** des données
  - **Dates, conditions, personnel, paramètres** de collecte
  - Données **brutes ou traitées**
  - **Expliquer les noms des variables** (si pas dans un vocabulaire contrôlé)
  - Version

## Reusable (réutilisable)

- Licence d'utilisation claire et accessible (interopérabilité légale)
- Source
  - Références
  - Lignage (qui, quand, comment, avec quoi)
  - Code informatique de traitement
  - Encodage (ISO-8859-1, UTF-8 ...)

## Reusable (réutilisable)

- Normes de pratique du domaine
  - Schémas de métadonnées
    - Mentionner quel standard suivent les données

## Pourquoi appliquer les principes FAIR

- Qualité des données
- Revalorisation
- Pérennité
- Méta-analyses
- Cycle de vie
- Transparence

## Qualité des données

- Augmenter la qualité des données de recherche
  - Données complètes et intègres
  - Sources vérifiables
  - Validité (domaines de valeurs)
  - Temporalité (cycle de vie, on y revient)

## Revalorisation

- Créer des collections de données de recherche

## Pérennité

- Assurer la pérennité des résultats de recherche et des publications.
- Reproductibilité
- Autonomie dans l'usage de données de recherche

## Méta-analyses

- L'interopérabilité permet de faire des méta-analyses sans devoir convertir les données dans d'autres formats ou trouver des équivalences de vocabulaire

## Cycle de vie

![Génération, Collecte, Traitement, Entreposage, Gestion, Analyse, Visualisation, Interprétation](Cycle de vie des données.png "Cycle de vie des données"){ height=640px }\ 

## Cycle de vie

- Gestion de projet
- Gestion des consentements (gouvernance)
- Facilite l'élaboration de plan de gestion de données
- Facilite la mise à jour des résultats (automatisation)

## Transparence

- Favoriser la reddition de compte et la demande de financement public
- Augmenter la valeur et l'impact à long terme de la recherche
  - Réduire les rétractations
  - Améliorer l'opinion publique et l'acceptabilité sociale (surtout avec les données médicales, ex: Cancer)

## Références

- Wilkinson, M. D. et al. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. Sci. Data 3:160018 doi: <https://dx.doi.org/10.1038/sdata.2016.18> (2016).
- Open Knowledge Foundation. Définition du Savoir Libre. Version: 1.1 <https://opendefinition.org/od/1.1/fr/>
- Go FAIR. FAIR Principles
   <https://www.go-fair.org/fair-principles/>
- OpenAIRE. How to make your data FAIR. <https://www.openaire.eu/how-to-make-your-data-fair>

## Licence

Les principes FAIR (c) par François Pelletier 

[francois.pelletier.6@ulaval.ca](mailto:francois.pelletier.6@ulaval.ca)

Les principes FAIR est disponible sous la licence Creative Commons Attribution 4.0 International License. Vous devriez avoir reçu une copie de la licence avec cette oeuvre. Sinon, voir <https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/>.