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Ajout de formatage pour slides et précisions
2023-11-27 05:15:21 +00:00
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
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<meta name="author" content="François Pelletier">
<title>Les principes FAIR</title>
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override a similar rule in reveal.js */
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<h1 class="title">Les principes FAIR</h1>
<p class="author">François Pelletier</p>
<p class="date">28 novembre 2023</p>
</section>
<section id="les-principes-fair" class="slide level2">
<h2>Les principes FAIR</h2>
</section>
<section id="objectif" class="slide level2">
<h2>Objectif</h2>
<p>Rendre les données de recherche réutilisables par les individus et
les machines.</p>
</section>
<section id="enjeux-actuels-avec-les-données" class="slide level2">
<h2>Enjeux actuels avec les données</h2>
<ul>
<li class="fragment">Données massives</li>
<li class="fragment">Complexité des données</li>
<li class="fragment">Trouver ce qui existe déjà</li>
<li class="fragment">Déplacer et stocker les données</li>
</ul>
</section>
<section id="données-massives" class="slide level2">
<h2>Données massives</h2>
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<p><img data-src="donnees-massives.drawio.svg"
title="Les 5 V des données massives" height="512"
alt="- Volume - Variété - Vélocité - Véracité - Valeur" /><br />
</p>
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</section>
<section id="complexité-des-données" class="slide level2">
<h2>Complexité des données</h2>
<ul>
<li class="fragment">Multidisciplinaires</li>
<li class="fragment">Méthodes et instruments complexes</li>
<li class="fragment">Logiciels et matériel requis</li>
<li class="fragment">Environnement légal et éthique</li>
</ul>
</section>
<section id="trouver-ce-qui-existe-déjà" class="slide level2">
<h2>Trouver ce qui existe déjà</h2>
<ul>
<li class="fragment">Trouver un article
<ul>
<li class="fragment">Bibliothèque: <a
href="https://www.bibl.ulaval.ca/">Sofia</a> 🎯</li>
<li class="fragment"><a href="https://scholar.google.ca/">Google
Scholar</a></li>
<li class="fragment"><a href="https://arxiv.org/">arXiv</a></li>
</ul></li>
<li class="fragment">Télécharger l’article
<ul>
<li class="fragment">Bibliothèque 📚,</li>
<li class="fragment">Payer 💸</li>
<li class="fragment">🐦‍⬛</li>
</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="trouver-ce-qui-existe-déjà-1" class="slide level2">
<h2>Trouver ce qui existe déjà</h2>
<ul>
<li class="fragment">Trouver les données qui vont avec:
<ul>
<li class="fragment">Pas évident 🧗</li>
</ul></li>
<li class="fragment">Ouvrir les données:
<ul>
<li class="fragment">Surprise 🤡</li>
</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="déplacer-et-stocker-les-données" class="slide level2">
<h2>Déplacer et stocker les données</h2>
<ul>
<li class="fragment">Médias physiques: Livres, Microfiches, VHS, Disques
🦣︎
<ul>
<li class="fragment">Enjeu de dégradation des supports</li>
</ul></li>
<li class="fragment">Logiciels partagés Microsoft 365: SharePoint,
Teams, … 🌩︎
<ul>
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<li class="fragment">Enjeu de pérennité et d’authenticité</li>
<li class="fragment">Risque de fouillis</li>
</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="déplacer-et-stocker-les-données-1" class="slide level2">
<h2>Déplacer et stocker les données</h2>
<ul>
<li class="fragment">Serveurs: VALERIA, Alliance (Calcul Canada), SFTP,
GLOBUS, S3, GitLab, Pixel/Subversion 🖥︎
<ul>
<li class="fragment">Enjeux d’accès, permissions, complexité … ça
s’apprend, mais c’est moins intuitif !</li>
<li class="fragment">En savoir plus après aujourd’hui !</li>
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</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="que-signifie-fair" class="slide level2">
<h2>Que signifie FAIR ?</h2>
<p><img data-src="Principes%20FAIR.drawio.svg" height="512"
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alt="Findable, Accessible, Interoperable, Reusable dans un diagramme de Venn. L’intersection est FAIR" /> </p>
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</section>
<section id="définitions-formelles" class="slide level2">
<h2>Définitions formelles</h2>
<ul>
<li class="fragment">FAIR a été défini par <a
href="https://www.nature.com/articles/sdata201618">Wilkinson, M. D. et
al. (2016)</a></li>
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<li class="fragment"><a
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href="https://opendefinition.org/od/1.1/fr/">Définition du Savoir
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Libre</a> qui a inspiré FAIR, par l’Open Knowledge Foundation.</li>
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</ul>
</section>
<section id="quest-ce-qui-est-concerné-par-fair" class="slide level2">
<h2>Qu’est-ce qui est concerné par FAIR?</h2>
<p>Tous les actifs numériques produits par des activités de
recherche</p>
<ul>
<li class="fragment">Données quantitatives et qualitatives</li>
<li class="fragment">Figures</li>
<li class="fragment">Multimédia</li>
<li class="fragment">Texte</li>
<li class="fragment">Code informatique</li>
<li class="fragment">Protocole de recherche</li>
<li class="fragment">Plans et instructions de fabrication</li>
</ul>
</section>
<section id="findable-découvrable" class="slide level2">
<h2>Findable (découvrable)</h2>
<ul>
<li class="fragment">Identifiant unique
<ul>
<li class="fragment">DOI: Digital object identifier
<ul>
<li class="fragment">Pour des actifs numériques de recherche</li>
<li class="fragment"><a href="https://doi.org/10.1000/182">DOI
Handbook</a></li>
</ul></li>
<li class="fragment">URI: Uniform Resource Identifier:
<ul>
<li class="fragment">Pour tout ce qui est accessible sur le web</li>
<li class="fragment">Inclus tous les fichiers et pages web</li>
<li class="fragment">S’applique aussi à des concepts et des
entités.</li>
<li class="fragment">Fondement du <a
href="https://www.w3.org/2001/sw/">web sémantique (web 3.0)</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="findable-découvrable-1" class="slide level2">
<h2>Findable (découvrable)</h2>
<ul>
<li class="fragment">Métadonnées
<ul>
<li class="fragment">Plus elles sont détaillées, plus elles renseignent
les moteurs de recherche
<ul>
<li class="fragment"><a href="https://schema.org/">Schema.org</a>: Guide
de métadonnées et vocabulaires</li>
<li class="fragment"><a href="https://www.wikidata.org/">Wikidata</a>:
Un exemple de structure</li>
<li class="fragment"><a
href="https://schema.datacite.org/">DataCite</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="findable-découvrable-2" class="slide level2">
<h2>Findable (découvrable)</h2>
<ul>
<li class="fragment">Indexation
<ul>
<li class="fragment">Dépôts de données
<ul>
<li class="fragment"><a
href="https://borealisdata.ca/">Borealis</a></li>
<li class="fragment"><a href="https://dataverse.org/">Dataverse</a></li>
<li class="fragment"><a href="https://zenodo.org/">Zenodo</a></li>
<li class="fragment"><a href="https://ckan.org/">CKAN</a> - À installer
sur son propre serveur. Utilisé dans plusieurs gouvernements dont le
Canada, le Québec et la Ville de Montréal.</li>
</ul></li>
</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="findable-découvrable-3" class="slide level2">
<h2>Findable (découvrable)</h2>
<ul>
<li class="fragment">Indexation
<ul>
<li class="fragment">Moteurs de recherche
<ul>
<li class="fragment"><a
href="https://datasetsearch.research.google.com/">Google
Datasets</a></li>
</ul></li>
<li class="fragment">Plateformes grand public
<ul>
<li class="fragment"><a href="https://data.world/">Data World</a> -
Dépôt de données commercial</li>
<li class="fragment"><a href="https://www.kaggle.com/">Kaggle</a> -
Données de concours, la documentation et les métadonnées peuvent être
limitées</li>
</ul></li>
</ul></li>
</ul>
</section>
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<section id="accessible" class="slide level2">
<h2>Accessible</h2>
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<ul>
<li class="fragment">Métadonnées
<ul>
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<li class="fragment"><strong>Normalisées</strong> (j’y reviens)</li>
<li class="fragment">Identifiant <strong>unique</strong> (URI, mentionné
ci-haut)</li>
<li class="fragment"><strong>Licence</strong> d’utilisation
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<ul>
<li class="fragment"><a
href="https://opendatacommons.org/licenses/odbl/">Open Database
License</a></li>
<li class="fragment"><a
href="https://creativecommons.org/share-your-work/cclicenses/">Creative
Commons License</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
</ul>
</section>
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<section id="accessible-1" class="slide level2">
<h2>Accessible</h2>
Ajout de formatage pour slides et précisions
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<ul>
<li class="fragment">Protocole d’accès aux métadonnées
<ul>
<li class="fragment">Caractéristiques
<ul>
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<li class="fragment"><strong>Libre</strong>: Aucune restriction
d’usage</li>
<li class="fragment"><strong>Ouvert</strong>: Documenté</li>
<li class="fragment"><strong>Universel</strong>: Utilisable avec
plusieurs médias</li>
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</ul></li>
<li class="fragment">Permission: Authentification et Autorisation</li>
<li class="fragment">Exemples: HTTPS, FTP, Courriel, Téléphone,
Poste</li>
</ul></li>
</ul>
</section>
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<section id="accessible-2" class="slide level2">
<h2>Accessible</h2>
Ajout de formatage pour slides et précisions
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<ul>
<li class="fragment">Métadonnées indépendantes des données
<ul>
<li class="fragment">Si les données expirent ou on reçoit une demande de
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suppression, les métadonnées gardent trace</li>
<li class="fragment">Publiques (si les données sont
confidentielles)</li>
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</ul></li>
</ul>
</section>
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<section id="interoperable" class="slide level2">
<h2>Interoperable</h2>
Ajout de formatage pour slides et précisions
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<ul>
<li class="fragment">Représentation des connaissances
<ul>
<li class="fragment">Formalisé</li>
<li class="fragment">Accessible</li>
<li class="fragment">Partagé</li>
<li class="fragment">Applicables à plusieurs contextes</li>
</ul></li>
</ul>
</section>
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<section id="interoperable-1" class="slide level2">
<h2>Interoperable</h2>
modifications pour simplifier
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<figure>
<img data-src="crayola-excel.png" alt="crayola-excel.png" />
<figcaption aria-hidden="true">crayola-excel.png</figcaption>
</figure>
</section>
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<section id="interoperable-2" class="slide level2">
<h2>Interoperable</h2>
modifications pour simplifier
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<ul>
<li class="fragment">Formats de données ouverts
<ul>
<li class="fragment"><a
href="https://www.numerique.gouv.fr/publications/interoperabilite/">Référentiel
général d’interopérabilité (France)</a></li>
<li class="fragment">CSV, JSON, XML, formats spécialisés (DICOM en
médecine)</li>
<li class="fragment">Dites non aux fichiers Excel “Crayola” <a
href="https://junkcharts.typepad.com/junk_charts/">Junk Charts</a></li>
</ul></li>
</ul>
</section>
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2023-11-27 23:53:17 +00:00
<section id="interoperable-3" class="slide level2">
<h2>Interoperable</h2>
modifications pour simplifier
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<p><img data-src="langfr-800px-Taxonomic_hierarchy.svg.png" height="512"
alt="langfr-800px-Taxonomic_hierarchy.svg.png" /><br />
</p>
</section>
html recompilé
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<section id="interoperable-4" class="slide level2">
<h2>Interoperable</h2>
Ajout de formatage pour slides et précisions
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<ul>
<li class="fragment">Vocabulaire
<ul>
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<li class="fragment">Taxonomie (vient de la biologie, utilisé dans
d’autres sciences)</li>
Ajout de formatage pour slides et précisions
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<li class="fragment">Ontologies
<ul>
<li class="fragment"><a
href="https://bioportal.bioontology.org/ontologies">BioPortal</a></li>
<li class="fragment"><a
href="https://joinup.ec.europa.eu/collection/eu-semantic-interoperability-catalogue">EU
Semantic Interoperability Catalogue</a></li>
<li class="fragment"><a href="https://protege.stanford.edu/">Logiciel
Protégé</a></li>
</ul></li>
modifications pour simplifier
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<li class="fragment">FAIR aussi (récursivité)
Ajout de formatage pour slides et précisions
2023-11-27 05:15:21 +00:00
<ul>
modifications pour simplifier
2023-11-27 23:51:05 +00:00
<li class="fragment">Enjeu souvent rencontré, le papier existe,
l’ontologie n’a jamais été publiée 😭</li>
Ajout de formatage pour slides et précisions
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</ul></li>
</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="reusable-réutilisable" class="slide level2">
<h2>Reusable (réutilisable)</h2>
<ul>
<li class="fragment">Description riche
<ul>
modifications pour simplifier
2023-11-27 23:51:05 +00:00
<li class="fragment"><strong>Pourquoi</strong> les données ont été
collectées</li>
<li class="fragment"><strong>Enjeux et limitations</strong> des
données</li>
<li class="fragment"><strong>Dates, conditions, personnel,
paramètres</strong> de collecte</li>
<li class="fragment">Données <strong>brutes ou traitées</strong></li>
<li class="fragment"><strong>Expliquer les noms des variables</strong>
(si pas dans un vocabulaire contrôlé)</li>
<li class="fragment">Version</li>
Ajout de formatage pour slides et précisions
2023-11-27 05:15:21 +00:00
</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="reusable-réutilisable-1" class="slide level2">
<h2>Reusable (réutilisable)</h2>
<ul>
<li class="fragment">Licence d’utilisation claire et accessible
(interopérabilité légale)</li>
<li class="fragment">Source
<ul>
<li class="fragment">Références</li>
<li class="fragment">Lignage (qui, quand, comment, avec quoi)</li>
<li class="fragment">Code informatique de traitement</li>
<li class="fragment">Encodage (ISO-8859-1, UTF-8 …)</li>
</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="reusable-réutilisable-2" class="slide level2">
<h2>Reusable (réutilisable)</h2>
<ul>
<li class="fragment">Normes de pratique du domaine
<ul>
<li class="fragment">Schémas de métadonnées
<ul>
<li class="fragment">Mentionner quel standard suivent les données</li>
</ul></li>
</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="pourquoi-appliquer-les-principes-fair"
class="slide level2">
<h2>Pourquoi appliquer les principes FAIR</h2>
<ul>
<li class="fragment">Qualité des données</li>
<li class="fragment">Revalorisation</li>
<li class="fragment">Pérennité</li>
<li class="fragment">Méta-analyses</li>
<li class="fragment">Cycle de vie</li>
<li class="fragment">Transparence</li>
</ul>
</section>
<section id="qualité-des-données" class="slide level2">
<h2>Qualité des données</h2>
<ul>
<li class="fragment">Augmenter la qualité des données de recherche
<ul>
modifications pour simplifier
2023-11-27 23:51:05 +00:00
<li class="fragment">Données complètes et intègres</li>
Ajout de formatage pour slides et précisions
2023-11-27 05:15:21 +00:00
<li class="fragment">Sources vérifiables</li>
<li class="fragment">Validité (domaines de valeurs)</li>
modifications pour simplifier
2023-11-27 23:51:05 +00:00
<li class="fragment">Temporalité (cycle de vie, on y revient)</li>
Ajout de formatage pour slides et précisions
2023-11-27 05:15:21 +00:00
</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="revalorisation" class="slide level2">
<h2>Revalorisation</h2>
<ul>
<li class="fragment">Créer des collections de données de recherche</li>
</ul>
</section>
<section id="pérennité" class="slide level2">
<h2>Pérennité</h2>
<ul>
<li class="fragment">Assurer la pérennité des résultats de recherche et
des publications.</li>
<li class="fragment">Reproductibilité</li>
<li class="fragment">Autonomie dans l’usage de données de recherche</li>
</ul>
</section>
<section id="méta-analyses" class="slide level2">
<h2>Méta-analyses</h2>
<ul>
<li class="fragment">L’interopérabilité permet de faire des
méta-analyses sans devoir convertir les données dans d’autres formats ou
trouver des équivalences de vocabulaire</li>
</ul>
</section>
<section id="cycle-de-vie" class="slide level2">
<h2>Cycle de vie</h2>
<p><img data-src="Cycle%20de%20vie%20des%20donn%C3%A9es.drawio.svg"
modifications pour simplifier
2023-11-27 23:51:05 +00:00
title="Cycle de vie des données" height="512"
alt="Génération, Collecte, Traitement, Entreposage, Gestion, Analyse, Visualisation, Interprétation" /> </p>
Ajout de formatage pour slides et précisions
2023-11-27 05:15:21 +00:00
</section>
<section id="cycle-de-vie-1" class="slide level2">
<h2>Cycle de vie</h2>
<ul>
modifications pour simplifier
2023-11-27 23:51:05 +00:00
<li class="fragment">Gestion de projet</li>
<li class="fragment">Gestion des consentements (gouvernance)</li>
Ajout de formatage pour slides et précisions
2023-11-27 05:15:21 +00:00
<li class="fragment">Facilite l’élaboration de plan de gestion de
données</li>
modifications pour simplifier
2023-11-27 23:51:05 +00:00
<li class="fragment">Facilite la mise à jour des résultats
(automatisation)</li>
Ajout de formatage pour slides et précisions
2023-11-27 05:15:21 +00:00
</ul>
</section>
<section id="transparence" class="slide level2">
<h2>Transparence</h2>
<ul>
<li class="fragment">Favoriser la reddition de compte et la demande de
financement public</li>
<li class="fragment">Augmenter la valeur et l’impact à long terme de la
recherche
<ul>
<li class="fragment">Réduire les rétractations</li>
modifications pour simplifier
2023-11-27 23:51:05 +00:00
<li class="fragment">Améliorer l’opinion publique et l’acceptabilité
sociale (surtout avec les données médicales, ex: Cancer)</li>
Ajout de formatage pour slides et précisions
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</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="références" class="slide level2">
<h2>Références</h2>
<ul>
<li class="fragment">Wilkinson, M. D. et al. The FAIR Guiding Principles
for scientific data management and stewardship. Sci. Data 3:160018 doi:
<a href="https://dx.doi.org/10.1038/sdata.2016.18"
class="uri">https://dx.doi.org/10.1038/sdata.2016.18</a> (2016).</li>
<li class="fragment">Open Knowledge Foundation. Définition du Savoir
Libre. Version: 1.1 <a href="https://opendefinition.org/od/1.1/fr/"
class="uri">https://opendefinition.org/od/1.1/fr/</a></li>
<li class="fragment">Go FAIR. FAIR Principles <a
href="https://www.go-fair.org/fair-principles/"
class="uri">https://www.go-fair.org/fair-principles/</a></li>
<li class="fragment">OpenAIRE. How to make your data FAIR. <a
href="https://www.openaire.eu/how-to-make-your-data-fair"
class="uri">https://www.openaire.eu/how-to-make-your-data-fair</a></li>
</ul>
</section>
<section id="licence" class="slide level2">
<h2>Licence</h2>
<p>Les principes FAIR (c) par François Pelletier</p>
<p>Les principes FAIR est disponible sous la licence Creative Commons
Attribution 4.0 International License. Vous devriez avoir reçu une copie
de la licence avec cette oeuvre. Sinon, voir <a
href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/"
class="uri">https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/</a>.</p>
</section>
</div>
</div>
<script src="https://unpkg.com/reveal.js@^4//dist/reveal.js"></script>
<!-- reveal.js plugins -->
<script src="https://unpkg.com/reveal.js@^4//plugin/notes/notes.js"></script>
<script src="https://unpkg.com/reveal.js@^4//plugin/search/search.js"></script>
<script src="https://unpkg.com/reveal.js@^4//plugin/zoom/zoom.js"></script>
<script>
// Full list of configuration options available at:
// https://revealjs.com/config/
Reveal.initialize({
// Display controls in the bottom right corner
controls: true,
// Help the user learn the controls by providing hints, for example by
// bouncing the down arrow when they first encounter a vertical slide
controlsTutorial: true,
// Determines where controls appear, "edges" or "bottom-right"
controlsLayout: 'bottom-right',
// Visibility rule for backwards navigation arrows; "faded", "hidden"
// or "visible"
controlsBackArrows: 'faded',
// Display a presentation progress bar
progress: true,
// Display the page number of the current slide
slideNumber: false,
// 'all', 'print', or 'speaker'
showSlideNumber: 'all',
// Add the current slide number to the URL hash so that reloading the
// page/copying the URL will return you to the same slide
hash: true,
// Start with 1 for the hash rather than 0
hashOneBasedIndex: false,
// Flags if we should monitor the hash and change slides accordingly
respondToHashChanges: true,
// Push each slide change to the browser history
history: false,
// Enable keyboard shortcuts for navigation
keyboard: true,
// Enable the slide overview mode
overview: true,
// Disables the default reveal.js slide layout (scaling and centering)
// so that you can use custom CSS layout
disableLayout: false,
// Vertical centering of slides
center: true,
// Enables touch navigation on devices with touch input
touch: true,
// Loop the presentation
loop: false,
// Change the presentation direction to be RTL
rtl: false,
// see https://revealjs.com/vertical-slides/#navigation-mode
navigationMode: 'default',
// Randomizes the order of slides each time the presentation loads
shuffle: false,
// Turns fragments on and off globally
fragments: false,
// Flags whether to include the current fragment in the URL,
// so that reloading brings you to the same fragment position
fragmentInURL: true,
// Flags if the presentation is running in an embedded mode,
// i.e. contained within a limited portion of the screen
embedded: false,
// Flags if we should show a help overlay when the questionmark
// key is pressed
help: true,
// Flags if it should be possible to pause the presentation (blackout)
pause: true,
// Flags if speaker notes should be visible to all viewers
showNotes: false,
// Global override for autoplaying embedded media (null/true/false)
autoPlayMedia: null,
// Global override for preloading lazy-loaded iframes (null/true/false)
preloadIframes: null,
// Number of milliseconds between automatically proceeding to the
// next slide, disabled when set to 0, this value can be overwritten
// by using a data-autoslide attribute on your slides
autoSlide: 0,
// Stop auto-sliding after user input
autoSlideStoppable: true,
// Use this method for navigation when auto-sliding
autoSlideMethod: null,
// Specify the average time in seconds that you think you will spend
// presenting each slide. This is used to show a pacing timer in the
// speaker view
defaultTiming: null,
// Enable slide navigation via mouse wheel
mouseWheel: false,
// The display mode that will be used to show slides
display: 'block',
// Hide cursor if inactive
hideInactiveCursor: true,
// Time before the cursor is hidden (in ms)
hideCursorTime: 5000,
// Opens links in an iframe preview overlay
previewLinks: false,
// Transition style (none/fade/slide/convex/concave/zoom)
enlever les transitions
2023-11-27 05:18:07 +00:00
transition: 'none',
Ajout de formatage pour slides et précisions
2023-11-27 05:15:21 +00:00
// Transition speed (default/fast/slow)
transitionSpeed: 'default',
// Transition style for full page slide backgrounds
// (none/fade/slide/convex/concave/zoom)
backgroundTransition: 'fade',
// Number of slides away from the current that are visible
viewDistance: 3,
// Number of slides away from the current that are visible on mobile
// devices. It is advisable to set this to a lower number than
// viewDistance in order to save resources.
mobileViewDistance: 2,
modifications pour simplifier
2023-11-27 23:51:05 +00:00
// Parallax background image
parallaxBackgroundImage: 'bg-slide.jpg', // e.g. "'https://s3.amazonaws.com/hakim-static/reveal-js/reveal-parallax-1.jpg'"
// Parallax background size
parallaxBackgroundSize: 'contain', // CSS syntax, e.g. "2100px 900px"
Ajout de formatage pour slides et précisions
2023-11-27 05:15:21 +00:00
// reveal.js plugins
plugins: [
RevealNotes,
RevealSearch,
RevealZoom
]
});
</script>
</body>
</html>
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