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@ -36,7 +36,7 @@
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<div class="reveal">
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<div class="slides">
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<section id="title-slide">
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<section id="title-slide" data-background-image="bg-cover.jpg" data-background-size="contain">
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<h1 class="title">Les principes FAIR</h1>
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||||
<p class="author">François Pelletier</p>
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<p class="date">28 novembre 2023</p>
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@ -61,18 +61,10 @@ les machines.</p>
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</section>
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<section id="données-massives" class="slide level2">
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<h2>Données massives</h2>
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<p><img data-src="donnees-massives.drawio.svg" height="512"
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alt="donnees-massives.drawio.svg" /> </p>
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</section>
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<section id="données-massives-1" class="slide level2">
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<h2>Données massives</h2>
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<ul>
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<li class="fragment">Volume</li>
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<li class="fragment">Variété</li>
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<li class="fragment">Vélocité</li>
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<li class="fragment">Véracité</li>
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<li class="fragment">Valeur</li>
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</ul>
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<p><img data-src="donnees-massives.drawio.svg"
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||||
title="Les 5 V des données massives" height="512"
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alt="- Volume - Variété - Vélocité - Véracité - Valeur" /><br />
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</p>
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</section>
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<section id="complexité-des-données" class="slide level2">
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||||
<h2>Complexité des données</h2>
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@ -117,38 +109,36 @@ Scholar</a></li>
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</section>
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<section id="déplacer-et-stocker-les-données" class="slide level2">
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||||
<h2>Déplacer et stocker les données</h2>
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<p>À l’Université Laval, nous avons:</p>
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<ul>
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||||
<li class="fragment">Médias physiques: Livres, Microfiches, VHS, Disques
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||||
🦣︎
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<ul>
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<li class="fragment">Enjeu de dégradation des supports</li>
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</ul></li>
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||||
<li class="fragment">Serveurs: Sites web, FTP, GLOBUS, S3, GitLab,
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||||
Subversion 🖥︎
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<ul>
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||||
<li class="fragment">Enjeux d’accès, permissions …</li>
|
||||
</ul></li>
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||||
<li class="fragment">Logiciels partagés Microsoft 365: SharePoint,
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||||
Teams, … 🌩︎
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||||
<ul>
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||||
<li class="fragment">Enjeu de persistance et d’authenticité</li>
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||||
<li class="fragment">Enjeu de pérennité et d’authenticité</li>
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||||
<li class="fragment">Risque de fouillis</li>
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||||
</ul></li>
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||||
</ul>
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</section>
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<section id="déplacer-et-stocker-les-données-1" class="slide level2">
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||||
<h2>Déplacer et stocker les données</h2>
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||||
<ul>
|
||||
<li class="fragment">Serveurs: VALERIA, Alliance (Calcul Canada), SFTP,
|
||||
GLOBUS, S3, GitLab, Pixel/Subversion 🖥︎
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||||
<ul>
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||||
<li class="fragment">Enjeux d’accès, permissions, complexité … ça
|
||||
s’apprend, mais c’est moins intuitif !</li>
|
||||
<li class="fragment">En savoir plus après aujourd’hui !</li>
|
||||
</ul></li>
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||||
</ul>
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||||
</section>
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||||
<section id="que-signifie-fair" class="slide level2">
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||||
<h2>Que signifie FAIR ?</h2>
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||||
<p><img data-src="Principes%20FAIR.drawio.svg" height="512"
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||||
alt="Principes FAIR.drawio.svg" /> </p>
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||||
</section>
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||||
<section id="que-signifie-fair-1" class="slide level2">
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||||
<h2>Que signifie FAIR ?</h2>
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||||
<ul>
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||||
<li class="fragment"><strong>F</strong>indable (découvrable)</li>
|
||||
<li class="fragment"><strong>A</strong>ccessible (accessible)</li>
|
||||
<li class="fragment"><strong>I</strong>nteroperable (interoperable)</li>
|
||||
<li class="fragment"><strong>R</strong>eusable (réutilisable)</li>
|
||||
</ul>
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||||
alt="Findable, Accessible, Interoperable, Reusable dans un diagramme de Venn. L’intersection est FAIR" /> </p>
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</section>
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||||
<section id="définitions-formelles" class="slide level2">
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||||
<h2>Définitions formelles</h2>
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||||
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@ -156,10 +146,9 @@ alt="Principes FAIR.drawio.svg" /> </p>
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|||
<li class="fragment">FAIR a été défini par <a
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||||
href="https://www.nature.com/articles/sdata201618">Wilkinson, M. D. et
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||||
al. (2016)</a></li>
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||||
<li class="fragment">Le concept d’Open Data est défini par l’Open
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||||
Knowledge Foundation, via la <a
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||||
<li class="fragment"><a
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||||
href="https://opendefinition.org/od/1.1/fr/">Définition du Savoir
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||||
Libre</a>.</li>
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||||
Libre</a> qui a inspiré FAIR, par l’Open Knowledge Foundation.</li>
|
||||
</ul>
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</section>
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||||
<section id="quest-ce-qui-est-concerné-par-fair" class="slide level2">
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@ -262,9 +251,10 @@ limitées</li>
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|||
<ul>
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||||
<li class="fragment">Métadonnées
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||||
<ul>
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||||
<li class="fragment">Normalisées</li>
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||||
<li class="fragment">Identifiant unique</li>
|
||||
<li class="fragment">Licence d’utilisation
|
||||
<li class="fragment"><strong>Normalisées</strong> (j’y reviens)</li>
|
||||
<li class="fragment">Identifiant <strong>unique</strong> (URI, mentionné
|
||||
ci-haut)</li>
|
||||
<li class="fragment"><strong>Licence</strong> d’utilisation
|
||||
<ul>
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||||
<li class="fragment"><a
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||||
href="https://opendatacommons.org/licenses/odbl/">Open Database
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||||
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@ -283,9 +273,11 @@ Commons License</a></li>
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|||
<ul>
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||||
<li class="fragment">Caractéristiques
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||||
<ul>
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||||
<li class="fragment">Libre: Aucune restriction d’usage</li>
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||||
<li class="fragment">Ouvert: Documenté</li>
|
||||
<li class="fragment">Universel: Utilisable avec plusieurs médias</li>
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||||
<li class="fragment"><strong>Libre</strong>: Aucune restriction
|
||||
d’usage</li>
|
||||
<li class="fragment"><strong>Ouvert</strong>: Documenté</li>
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||||
<li class="fragment"><strong>Universel</strong>: Utilisable avec
|
||||
plusieurs médias</li>
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||||
</ul></li>
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<li class="fragment">Permission: Authentification et Autorisation</li>
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||||
<li class="fragment">Exemples: HTTPS, FTP, Courriel, Téléphone,
|
||||
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@ -299,8 +291,9 @@ Poste</li>
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|||
<li class="fragment">Métadonnées indépendantes des données
|
||||
<ul>
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||||
<li class="fragment">Si les données expirent ou on reçoit une demande de
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||||
suppression</li>
|
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<li class="fragment">Sensibilité des données (confidentiel)</li>
|
||||
suppression, les métadonnées gardent trace</li>
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||||
<li class="fragment">Publiques (si les données sont
|
||||
confidentielles)</li>
|
||||
</ul></li>
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||||
</ul>
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</section>
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|
@ -318,11 +311,39 @@ suppression</li>
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</section>
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||||
<section id="interoperable-interoperable-1" class="slide level2">
|
||||
<h2>Interoperable (interoperable)</h2>
|
||||
<figure>
|
||||
<img data-src="crayola-excel.png" alt="crayola-excel.png" />
|
||||
<figcaption aria-hidden="true">crayola-excel.png</figcaption>
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||||
</figure>
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||||
</section>
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||||
<section id="interoperable-interoperable-2" class="slide level2">
|
||||
<h2>Interoperable (interoperable)</h2>
|
||||
<ul>
|
||||
<li class="fragment">Formats de données ouverts
|
||||
<ul>
|
||||
<li class="fragment"><a
|
||||
href="https://www.numerique.gouv.fr/publications/interoperabilite/">Référentiel
|
||||
général d’interopérabilité (France)</a></li>
|
||||
<li class="fragment">CSV, JSON, XML, formats spécialisés (DICOM en
|
||||
médecine)</li>
|
||||
<li class="fragment">Dites non aux fichiers Excel “Crayola” <a
|
||||
href="https://junkcharts.typepad.com/junk_charts/">Junk Charts</a></li>
|
||||
</ul></li>
|
||||
</ul>
|
||||
</section>
|
||||
<section id="interoperable-interoperable-3" class="slide level2">
|
||||
<h2>Interoperable (interoperable)</h2>
|
||||
<p><img data-src="langfr-800px-Taxonomic_hierarchy.svg.png" height="512"
|
||||
alt="langfr-800px-Taxonomic_hierarchy.svg.png" /><br />
|
||||
</p>
|
||||
</section>
|
||||
<section id="interoperable-interoperable-4" class="slide level2">
|
||||
<h2>Interoperable (interoperable)</h2>
|
||||
<ul>
|
||||
<li class="fragment">Vocabulaire
|
||||
<ul>
|
||||
<li class="fragment">(vient de la biologie, utilisé dans d’autres
|
||||
sciences)</li>
|
||||
<li class="fragment">Taxonomie (vient de la biologie, utilisé dans
|
||||
d’autres sciences)</li>
|
||||
<li class="fragment">Ontologies
|
||||
<ul>
|
||||
<li class="fragment"><a
|
||||
|
|
@ -333,29 +354,12 @@ Semantic Interoperability Catalogue</a></li>
|
|||
<li class="fragment"><a href="https://protege.stanford.edu/">Logiciel
|
||||
Protégé</a></li>
|
||||
</ul></li>
|
||||
<li class="fragment">FAIR aussi (récursivité)</li>
|
||||
</ul></li>
|
||||
</ul>
|
||||
</section>
|
||||
<section id="interoperable-interoperable-2" class="slide level2">
|
||||
<h2>Interoperable (interoperable)</h2>
|
||||
<p><img data-src="langfr-800px-Taxonomic_hierarchy.svg.png" height="512"
|
||||
alt="langfr-800px-Taxonomic_hierarchy.svg.png" /> </p>
|
||||
</section>
|
||||
<section id="interoperable-interoperable-3" class="slide level2">
|
||||
<h2>Interoperable (interoperable)</h2>
|
||||
<li class="fragment">FAIR aussi (récursivité)
|
||||
<ul>
|
||||
<li class="fragment">Références
|
||||
<ul>
|
||||
<li class="fragment">Identifiants uniques</li>
|
||||
<li class="fragment">Enjeu souvent rencontré, le papier existe,
|
||||
l’ontologie n’a jamais été publiée 😭</li>
|
||||
</ul></li>
|
||||
<li class="fragment">Toile de données
|
||||
<ul>
|
||||
<li class="fragment">Linked Data <a
|
||||
href="https://www.w3.org/DesignIssues/LinkedData.html"
|
||||
class="uri">https://www.w3.org/DesignIssues/LinkedData.html</a></li>
|
||||
</ul></li>
|
||||
<li class="fragment">Concerne les données et les métadonnées</li>
|
||||
</ul>
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||||
</section>
|
||||
<section id="reusable-réutilisable" class="slide level2">
|
||||
|
|
@ -363,14 +367,16 @@ class="uri">https://www.w3.org/DesignIssues/LinkedData.html</a></li>
|
|||
<ul>
|
||||
<li class="fragment">Description riche
|
||||
<ul>
|
||||
<li class="fragment">Pourquoi les données ont été collectées</li>
|
||||
<li class="fragment">Enjeux et limitations des données</li>
|
||||
<li class="fragment">Dates, conditions, personnel, paramètres de
|
||||
collecte</li>
|
||||
<li class="fragment">Données brutes ou traitées</li>
|
||||
<li class="fragment">Expliquer les noms des variables (si pas dans un
|
||||
vocabulaire contrôlé)</li>
|
||||
<li class="fragment">Version des données</li>
|
||||
<li class="fragment"><strong>Pourquoi</strong> les données ont été
|
||||
collectées</li>
|
||||
<li class="fragment"><strong>Enjeux et limitations</strong> des
|
||||
données</li>
|
||||
<li class="fragment"><strong>Dates, conditions, personnel,
|
||||
paramètres</strong> de collecte</li>
|
||||
<li class="fragment">Données <strong>brutes ou traitées</strong></li>
|
||||
<li class="fragment"><strong>Expliquer les noms des variables</strong>
|
||||
(si pas dans un vocabulaire contrôlé)</li>
|
||||
<li class="fragment">Version</li>
|
||||
</ul></li>
|
||||
</ul>
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||||
</section>
|
||||
|
|
@ -417,12 +423,10 @@ class="slide level2">
|
|||
<ul>
|
||||
<li class="fragment">Augmenter la qualité des données de recherche
|
||||
<ul>
|
||||
<li class="fragment">Données complètes</li>
|
||||
<li class="fragment">Intégrité des données</li>
|
||||
<li class="fragment">Données complètes et intègres</li>
|
||||
<li class="fragment">Sources vérifiables</li>
|
||||
<li class="fragment">Éliminer la duplication</li>
|
||||
<li class="fragment">Validité (domaines de valeurs)</li>
|
||||
<li class="fragment">Temporalité (âge des données)</li>
|
||||
<li class="fragment">Temporalité (cycle de vie, on y revient)</li>
|
||||
</ul></li>
|
||||
</ul>
|
||||
</section>
|
||||
|
|
@ -452,30 +456,18 @@ trouver des équivalences de vocabulaire</li>
|
|||
<section id="cycle-de-vie" class="slide level2">
|
||||
<h2>Cycle de vie</h2>
|
||||
<p><img data-src="Cycle%20de%20vie%20des%20donn%C3%A9es.drawio.svg"
|
||||
height="512" alt="Cycle de vie des données.drawio.svg" /> </p>
|
||||
title="Cycle de vie des données" height="512"
|
||||
alt="Génération, Collecte, Traitement, Entreposage, Gestion, Analyse, Visualisation, Interprétation" /> </p>
|
||||
</section>
|
||||
<section id="cycle-de-vie-1" class="slide level2">
|
||||
<h2>Cycle de vie</h2>
|
||||
<ul>
|
||||
<li class="fragment">Génération</li>
|
||||
<li class="fragment">Collecte</li>
|
||||
<li class="fragment">Traitement</li>
|
||||
<li class="fragment">Entreposage</li>
|
||||
<li class="fragment">Gestion</li>
|
||||
<li class="fragment">Analyse</li>
|
||||
<li class="fragment">Visualisation</li>
|
||||
<li class="fragment">Interprétation</li>
|
||||
</ul>
|
||||
</section>
|
||||
<section id="cycle-de-vie-2" class="slide level2">
|
||||
<h2>Cycle de vie</h2>
|
||||
<ul>
|
||||
<li class="fragment">Aider les chercheur.es à organiser leurs données
|
||||
tout au long du cycle de vie</li>
|
||||
<li class="fragment">Gestion des consentements</li>
|
||||
<li class="fragment">Gestion de projet</li>
|
||||
<li class="fragment">Gestion des consentements (gouvernance)</li>
|
||||
<li class="fragment">Facilite l’élaboration de plan de gestion de
|
||||
données</li>
|
||||
<li class="fragment">Mise à jour des résultats</li>
|
||||
<li class="fragment">Facilite la mise à jour des résultats
|
||||
(automatisation)</li>
|
||||
</ul>
|
||||
</section>
|
||||
<section id="transparence" class="slide level2">
|
||||
|
|
@ -487,7 +479,8 @@ financement public</li>
|
|||
recherche
|
||||
<ul>
|
||||
<li class="fragment">Réduire les rétractations</li>
|
||||
<li class="fragment">Opinion publique</li>
|
||||
<li class="fragment">Améliorer l’opinion publique et l’acceptabilité
|
||||
sociale (surtout avec les données médicales, ex: Cancer)</li>
|
||||
</ul></li>
|
||||
</ul>
|
||||
</section>
|
||||
|
|
@ -501,11 +494,6 @@ class="uri">https://dx.doi.org/10.1038/sdata.2016.18</a> (2016).</li>
|
|||
<li class="fragment">Open Knowledge Foundation. Définition du Savoir
|
||||
Libre. Version: 1.1 <a href="https://opendefinition.org/od/1.1/fr/"
|
||||
class="uri">https://opendefinition.org/od/1.1/fr/</a></li>
|
||||
</ul>
|
||||
</section>
|
||||
<section id="références-1" class="slide level2">
|
||||
<h2>Références</h2>
|
||||
<ul>
|
||||
<li class="fragment">Go FAIR. FAIR Principles <a
|
||||
href="https://www.go-fair.org/fair-principles/"
|
||||
class="uri">https://www.go-fair.org/fair-principles/</a></li>
|
||||
|
|
@ -678,6 +666,12 @@ class="uri">https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/</a>.</p>
|
|||
// viewDistance in order to save resources.
|
||||
mobileViewDistance: 2,
|
||||
|
||||
// Parallax background image
|
||||
parallaxBackgroundImage: 'bg-slide.jpg', // e.g. "'https://s3.amazonaws.com/hakim-static/reveal-js/reveal-parallax-1.jpg'"
|
||||
|
||||
// Parallax background size
|
||||
parallaxBackgroundSize: 'contain', // CSS syntax, e.g. "2100px 900px"
|
||||
|
||||
// reveal.js plugins
|
||||
plugins: [
|
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RevealNotes,
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