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2023-11-27 00:15:21 -05:00

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<html>
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<meta name="author" content="François Pelletier">
<title>Les principes FAIR</title>
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<div class="reveal">
<div class="slides">
<section id="title-slide" data-background-image="bg-cover.png">
<h1 class="title">Les principes FAIR</h1>
<p class="author">François Pelletier</p>
<p class="date">28 novembre 2023</p>
</section>
<section id="les-principes-fair" class="slide level2">
<h2>Les principes FAIR</h2>
</section>
<section id="objectif" class="slide level2">
<h2>Objectif</h2>
<p>Rendre les données de recherche réutilisables par les individus et
les machines.</p>
</section>
<section id="enjeux-actuels-avec-les-données" class="slide level2">
<h2>Enjeux actuels avec les données</h2>
<ul>
<li class="fragment">Données massives</li>
<li class="fragment">Complexité des données</li>
<li class="fragment">Trouver ce qui existe déjà</li>
<li class="fragment">Déplacer et stocker les données</li>
</ul>
</section>
<section id="données-massives" class="slide level2">
<h2>Données massives</h2>
<p><img data-src="donnees-massives.drawio.svg" height="512"
alt="donnees-massives.drawio.svg" /> </p>
</section>
<section id="données-massives-1" class="slide level2">
<h2>Données massives</h2>
<ul>
<li class="fragment">Volume</li>
<li class="fragment">Variété</li>
<li class="fragment">Vélocité</li>
<li class="fragment">Véracité</li>
<li class="fragment">Valeur</li>
</ul>
</section>
<section id="complexité-des-données" class="slide level2">
<h2>Complexité des données</h2>
<ul>
<li class="fragment">Multidisciplinaires</li>
<li class="fragment">Méthodes et instruments complexes</li>
<li class="fragment">Logiciels et matériel requis</li>
<li class="fragment">Environnement légal et éthique</li>
</ul>
</section>
<section id="trouver-ce-qui-existe-déjà" class="slide level2">
<h2>Trouver ce qui existe déjà</h2>
<ul>
<li class="fragment">Trouver un article
<ul>
<li class="fragment">Bibliothèque: <a
href="https://www.bibl.ulaval.ca/">Sofia</a> 🎯</li>
<li class="fragment"><a href="https://scholar.google.ca/">Google
Scholar</a></li>
<li class="fragment"><a href="https://arxiv.org/">arXiv</a></li>
</ul></li>
<li class="fragment">Télécharger larticle
<ul>
<li class="fragment">Bibliothèque 📚,</li>
<li class="fragment">Payer 💸</li>
<li class="fragment">🐦‍⬛</li>
</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="trouver-ce-qui-existe-déjà-1" class="slide level2">
<h2>Trouver ce qui existe déjà</h2>
<ul>
<li class="fragment">Trouver les données qui vont avec:
<ul>
<li class="fragment">Pas évident 🧗</li>
</ul></li>
<li class="fragment">Ouvrir les données:
<ul>
<li class="fragment">Surprise 🤡</li>
</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="déplacer-et-stocker-les-données" class="slide level2">
<h2>Déplacer et stocker les données</h2>
<p>À lUniversité Laval, nous avons:</p>
<ul>
<li class="fragment">Médias physiques: Livres, Microfiches, VHS, Disques
🦣︎
<ul>
<li class="fragment">Enjeu de dégradation des supports</li>
</ul></li>
<li class="fragment">Serveurs: Sites web, FTP, GLOBUS, S3, GitLab,
Subversion 🖥︎
<ul>
<li class="fragment">Enjeux daccès, permissions …</li>
</ul></li>
<li class="fragment">Logiciels partagés Microsoft 365: SharePoint,
Teams, … 🌩︎
<ul>
<li class="fragment">Enjeu de persistance et dauthenticité</li>
</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="que-signifie-fair" class="slide level2">
<h2>Que signifie FAIR ?</h2>
<p><img data-src="Principes%20FAIR.drawio.svg" height="512"
alt="Principes FAIR.drawio.svg" /> </p>
</section>
<section id="que-signifie-fair-1" class="slide level2">
<h2>Que signifie FAIR ?</h2>
<ul>
<li class="fragment"><strong>F</strong>indable (découvrable)</li>
<li class="fragment"><strong>A</strong>ccessible (accessible)</li>
<li class="fragment"><strong>I</strong>nteroperable (interoperable)</li>
<li class="fragment"><strong>R</strong>eusable (réutilisable)</li>
</ul>
</section>
<section id="définitions-formelles" class="slide level2">
<h2>Définitions formelles</h2>
<ul>
<li class="fragment">FAIR a été défini par <a
href="https://www.nature.com/articles/sdata201618">Wilkinson, M. D. et
al. (2016)</a></li>
<li class="fragment">Le concept dOpen Data est défini par lOpen
Knowledge Foundation, via la <a
href="https://opendefinition.org/od/1.1/fr/">Définition du Savoir
Libre</a>.</li>
</ul>
</section>
<section id="quest-ce-qui-est-concerné-par-fair" class="slide level2">
<h2>Quest-ce qui est concerné par FAIR?</h2>
<p>Tous les actifs numériques produits par des activités de
recherche</p>
<ul>
<li class="fragment">Données quantitatives et qualitatives</li>
<li class="fragment">Figures</li>
<li class="fragment">Multimédia</li>
<li class="fragment">Texte</li>
<li class="fragment">Code informatique</li>
<li class="fragment">Protocole de recherche</li>
<li class="fragment">Plans et instructions de fabrication</li>
</ul>
</section>
<section id="findable-découvrable" class="slide level2">
<h2>Findable (découvrable)</h2>
<ul>
<li class="fragment">Identifiant unique
<ul>
<li class="fragment">DOI: Digital object identifier
<ul>
<li class="fragment">Pour des actifs numériques de recherche</li>
<li class="fragment"><a href="https://doi.org/10.1000/182">DOI
Handbook</a></li>
</ul></li>
<li class="fragment">URI: Uniform Resource Identifier:
<ul>
<li class="fragment">Pour tout ce qui est accessible sur le web</li>
<li class="fragment">Inclus tous les fichiers et pages web</li>
<li class="fragment">Sapplique aussi à des concepts et des
entités.</li>
<li class="fragment">Fondement du <a
href="https://www.w3.org/2001/sw/">web sémantique (web 3.0)</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="findable-découvrable-1" class="slide level2">
<h2>Findable (découvrable)</h2>
<ul>
<li class="fragment">Métadonnées
<ul>
<li class="fragment">Plus elles sont détaillées, plus elles renseignent
les moteurs de recherche
<ul>
<li class="fragment"><a href="https://schema.org/">Schema.org</a>: Guide
de métadonnées et vocabulaires</li>
<li class="fragment"><a href="https://www.wikidata.org/">Wikidata</a>:
Un exemple de structure</li>
<li class="fragment"><a
href="https://schema.datacite.org/">DataCite</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="findable-découvrable-2" class="slide level2">
<h2>Findable (découvrable)</h2>
<ul>
<li class="fragment">Indexation
<ul>
<li class="fragment">Dépôts de données
<ul>
<li class="fragment"><a
href="https://borealisdata.ca/">Borealis</a></li>
<li class="fragment"><a href="https://dataverse.org/">Dataverse</a></li>
<li class="fragment"><a href="https://zenodo.org/">Zenodo</a></li>
<li class="fragment"><a href="https://ckan.org/">CKAN</a> - À installer
sur son propre serveur. Utilisé dans plusieurs gouvernements dont le
Canada, le Québec et la Ville de Montréal.</li>
</ul></li>
</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="findable-découvrable-3" class="slide level2">
<h2>Findable (découvrable)</h2>
<ul>
<li class="fragment">Indexation
<ul>
<li class="fragment">Moteurs de recherche
<ul>
<li class="fragment"><a
href="https://datasetsearch.research.google.com/">Google
Datasets</a></li>
</ul></li>
<li class="fragment">Plateformes grand public
<ul>
<li class="fragment"><a href="https://data.world/">Data World</a> -
Dépôt de données commercial</li>
<li class="fragment"><a href="https://www.kaggle.com/">Kaggle</a> -
Données de concours, la documentation et les métadonnées peuvent être
limitées</li>
</ul></li>
</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="accessible-accessible" class="slide level2">
<h2>Accessible (accessible)</h2>
<ul>
<li class="fragment">Métadonnées
<ul>
<li class="fragment">Normalisées</li>
<li class="fragment">Identifiant unique</li>
<li class="fragment">Licence dutilisation
<ul>
<li class="fragment"><a
href="https://opendatacommons.org/licenses/odbl/">Open Database
License</a></li>
<li class="fragment"><a
href="https://creativecommons.org/share-your-work/cclicenses/">Creative
Commons License</a></li>
</ul></li>
</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="accessible-accessible-1" class="slide level2">
<h2>Accessible (accessible)</h2>
<ul>
<li class="fragment">Protocole daccès aux métadonnées
<ul>
<li class="fragment">Caractéristiques
<ul>
<li class="fragment">Libre: Aucune restriction dusage</li>
<li class="fragment">Ouvert: Documenté</li>
<li class="fragment">Universel: Utilisable avec plusieurs médias</li>
</ul></li>
<li class="fragment">Permission: Authentification et Autorisation</li>
<li class="fragment">Exemples: HTTPS, FTP, Courriel, Téléphone,
Poste</li>
</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="accessible-accessible-2" class="slide level2">
<h2>Accessible (accessible)</h2>
<ul>
<li class="fragment">Métadonnées indépendantes des données
<ul>
<li class="fragment">Si les données expirent ou on reçoit une demande de
suppression</li>
<li class="fragment">Sensibilité des données (confidentiel)</li>
</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="interoperable-interoperable" class="slide level2">
<h2>Interoperable (interoperable)</h2>
<ul>
<li class="fragment">Représentation des connaissances
<ul>
<li class="fragment">Formalisé</li>
<li class="fragment">Accessible</li>
<li class="fragment">Partagé</li>
<li class="fragment">Applicables à plusieurs contextes</li>
</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="interoperable-interoperable-1" class="slide level2">
<h2>Interoperable (interoperable)</h2>
<ul>
<li class="fragment">Vocabulaire
<ul>
<li class="fragment">(vient de la biologie, utilisé dans dautres
sciences)</li>
<li class="fragment">Ontologies
<ul>
<li class="fragment"><a
href="https://bioportal.bioontology.org/ontologies">BioPortal</a></li>
<li class="fragment"><a
href="https://joinup.ec.europa.eu/collection/eu-semantic-interoperability-catalogue">EU
Semantic Interoperability Catalogue</a></li>
<li class="fragment"><a href="https://protege.stanford.edu/">Logiciel
Protégé</a></li>
</ul></li>
<li class="fragment">FAIR aussi (récursivité)</li>
</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="interoperable-interoperable-2" class="slide level2">
<h2>Interoperable (interoperable)</h2>
<p><img data-src="langfr-800px-Taxonomic_hierarchy.svg.png" height="512"
alt="langfr-800px-Taxonomic_hierarchy.svg.png" /> </p>
</section>
<section id="interoperable-interoperable-3" class="slide level2">
<h2>Interoperable (interoperable)</h2>
<ul>
<li class="fragment">Références
<ul>
<li class="fragment">Identifiants uniques</li>
</ul></li>
<li class="fragment">Toile de données
<ul>
<li class="fragment">Linked Data <a
href="https://www.w3.org/DesignIssues/LinkedData.html"
class="uri">https://www.w3.org/DesignIssues/LinkedData.html</a></li>
</ul></li>
<li class="fragment">Concerne les données et les métadonnées</li>
</ul>
</section>
<section id="reusable-réutilisable" class="slide level2">
<h2>Reusable (réutilisable)</h2>
<ul>
<li class="fragment">Description riche
<ul>
<li class="fragment">Pourquoi les données ont été collectées</li>
<li class="fragment">Enjeux et limitations des données</li>
<li class="fragment">Dates, conditions, personnel, paramètres de
collecte</li>
<li class="fragment">Données brutes ou traitées</li>
<li class="fragment">Expliquer les noms des variables (si pas dans un
vocabulaire contrôlé)</li>
<li class="fragment">Version des données</li>
</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="reusable-réutilisable-1" class="slide level2">
<h2>Reusable (réutilisable)</h2>
<ul>
<li class="fragment">Licence dutilisation claire et accessible
(interopérabilité légale)</li>
<li class="fragment">Source
<ul>
<li class="fragment">Références</li>
<li class="fragment">Lignage (qui, quand, comment, avec quoi)</li>
<li class="fragment">Code informatique de traitement</li>
<li class="fragment">Encodage (ISO-8859-1, UTF-8 …)</li>
</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="reusable-réutilisable-2" class="slide level2">
<h2>Reusable (réutilisable)</h2>
<ul>
<li class="fragment">Normes de pratique du domaine
<ul>
<li class="fragment">Schémas de métadonnées
<ul>
<li class="fragment">Mentionner quel standard suivent les données</li>
</ul></li>
</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="pourquoi-appliquer-les-principes-fair"
class="slide level2">
<h2>Pourquoi appliquer les principes FAIR</h2>
<ul>
<li class="fragment">Qualité des données</li>
<li class="fragment">Revalorisation</li>
<li class="fragment">Pérennité</li>
<li class="fragment">Méta-analyses</li>
<li class="fragment">Cycle de vie</li>
<li class="fragment">Transparence</li>
</ul>
</section>
<section id="qualité-des-données" class="slide level2">
<h2>Qualité des données</h2>
<ul>
<li class="fragment">Augmenter la qualité des données de recherche
<ul>
<li class="fragment">Données complètes</li>
<li class="fragment">Intégrité des données</li>
<li class="fragment">Sources vérifiables</li>
<li class="fragment">Éliminer la duplication</li>
<li class="fragment">Validité (domaines de valeurs)</li>
<li class="fragment">Temporalité (âge des données)</li>
</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="revalorisation" class="slide level2">
<h2>Revalorisation</h2>
<ul>
<li class="fragment">Créer des collections de données de recherche</li>
</ul>
</section>
<section id="pérennité" class="slide level2">
<h2>Pérennité</h2>
<ul>
<li class="fragment">Assurer la pérennité des résultats de recherche et
des publications.</li>
<li class="fragment">Reproductibilité</li>
<li class="fragment">Autonomie dans lusage de données de recherche</li>
</ul>
</section>
<section id="méta-analyses" class="slide level2">
<h2>Méta-analyses</h2>
<ul>
<li class="fragment">Linteropérabilité permet de faire des
méta-analyses sans devoir convertir les données dans dautres formats ou
trouver des équivalences de vocabulaire</li>
</ul>
</section>
<section id="cycle-de-vie" class="slide level2">
<h2>Cycle de vie</h2>
<p><img data-src="Cycle%20de%20vie%20des%20donn%C3%A9es.drawio.svg"
height="512" alt="Cycle de vie des données.drawio.svg" /> </p>
</section>
<section id="cycle-de-vie-1" class="slide level2">
<h2>Cycle de vie</h2>
<ul>
<li class="fragment">Génération</li>
<li class="fragment">Collecte</li>
<li class="fragment">Traitement</li>
<li class="fragment">Entreposage</li>
<li class="fragment">Gestion</li>
<li class="fragment">Analyse</li>
<li class="fragment">Visualisation</li>
<li class="fragment">Interprétation</li>
</ul>
</section>
<section id="cycle-de-vie-2" class="slide level2">
<h2>Cycle de vie</h2>
<ul>
<li class="fragment">Aider les chercheur.es à organiser leurs données
tout au long du cycle de vie</li>
<li class="fragment">Gestion des consentements</li>
<li class="fragment">Facilite lélaboration de plan de gestion de
données</li>
<li class="fragment">Mise à jour des résultats</li>
</ul>
</section>
<section id="transparence" class="slide level2">
<h2>Transparence</h2>
<ul>
<li class="fragment">Favoriser la reddition de compte et la demande de
financement public</li>
<li class="fragment">Augmenter la valeur et limpact à long terme de la
recherche
<ul>
<li class="fragment">Réduire les rétractations</li>
<li class="fragment">Opinion publique</li>
</ul></li>
</ul>
</section>
<section id="références" class="slide level2">
<h2>Références</h2>
<ul>
<li class="fragment">Wilkinson, M. D. et al. The FAIR Guiding Principles
for scientific data management and stewardship. Sci. Data 3:160018 doi:
<a href="https://dx.doi.org/10.1038/sdata.2016.18"
class="uri">https://dx.doi.org/10.1038/sdata.2016.18</a> (2016).</li>
<li class="fragment">Open Knowledge Foundation. Définition du Savoir
Libre. Version: 1.1 <a href="https://opendefinition.org/od/1.1/fr/"
class="uri">https://opendefinition.org/od/1.1/fr/</a></li>
</ul>
</section>
<section id="références-1" class="slide level2">
<h2>Références</h2>
<ul>
<li class="fragment">Go FAIR. FAIR Principles <a
href="https://www.go-fair.org/fair-principles/"
class="uri">https://www.go-fair.org/fair-principles/</a></li>
<li class="fragment">OpenAIRE. How to make your data FAIR. <a
href="https://www.openaire.eu/how-to-make-your-data-fair"
class="uri">https://www.openaire.eu/how-to-make-your-data-fair</a></li>
</ul>
</section>
<section id="licence" class="slide level2">
<h2>Licence</h2>
<p>Les principes FAIR (c) par François Pelletier</p>
<p>Les principes FAIR est disponible sous la licence Creative Commons
Attribution 4.0 International License. Vous devriez avoir reçu une copie
de la licence avec cette oeuvre. Sinon, voir <a
href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/"
class="uri">https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/</a>.</p>
</section>
</div>
</div>
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// Help the user learn the controls by providing hints, for example by
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// Determines where controls appear, "edges" or "bottom-right"
controlsLayout: 'bottom-right',
// Visibility rule for backwards navigation arrows; "faded", "hidden"
// or "visible"
controlsBackArrows: 'faded',
// Display a presentation progress bar
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// Display the page number of the current slide
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// 'all', 'print', or 'speaker'
showSlideNumber: 'all',
// Add the current slide number to the URL hash so that reloading the
// page/copying the URL will return you to the same slide
hash: true,
// Start with 1 for the hash rather than 0
hashOneBasedIndex: false,
// Flags if we should monitor the hash and change slides accordingly
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// Push each slide change to the browser history
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// Enable the slide overview mode
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// so that you can use custom CSS layout
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// Change the presentation direction to be RTL
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// Randomizes the order of slides each time the presentation loads
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// Flags whether to include the current fragment in the URL,
// so that reloading brings you to the same fragment position
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// i.e. contained within a limited portion of the screen
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// Number of milliseconds between automatically proceeding to the
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// by using a data-autoslide attribute on your slides
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// Use this method for navigation when auto-sliding
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// presenting each slide. This is used to show a pacing timer in the
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