ulaval-ppr-principes-fair/README.md

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author: François Pelletier
title: Les principes FAIR
date: 28 novembre 2023
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# Les principes FAIR

## Objectif

Rendre les données de recherche réutilisables par les individus et les machines.

## Enjeux actuels avec les données

### Données massives

- Volume
- Variété
- Vélocité
- Véracité
- Valeur

![donnees-massives.png](donnees-massives.png)

### Complexité des données

- Multidisciplinaires
- Méthodes et instruments complexes
- Logiciels et matériel requis
- Environnement légal et éthique

### Trouver ce qui existe déjà

- Trouver un article: 🎯
- Télécharger l'article: 📚, 💸 ou 🐦‍⬛
- Trouver les données qui vont avec: 🧗
- Ouvrir les données: 🤡

### Déplacer et stocker les données

À l'Université Laval, nous avons:

- Médias physiques: Livres, Microfiches, VHS, Disques
- Serveurs: Sites web, FTP, GLOBUS, S3, GitLab, Subversion
- Logiciels partagés Microsoft 365: SharePoint, Teams, ...

## Que signifie FAIR ?

- **F**indable (découvrable)
- **A**ccessible (accessible)
- **I**nteroperable (interoperable)
- **R**eusable (réutilisable)

### Définitions formelles

- FAIR a été défini par Wilkinson, M. D. et al. (2016)
- Le concept d'Open Data est défini par l'Open Knowledge Foundation, via la Définition du Savoir Libre.

## Qu'est-ce qui est concerné ?

Tous les actifs numériques produits par des activités de recherche

- Données quantitatives et qualitatives
- Figures
- Multimédia
- Texte
- Code informatique
- Protocole de recherche
- Plans et instructions de fabrication

## Les 4 lettres

### **F**indable (découvrable)

- Identifiant unique
  - DOI: Digital object identifier
    - Pour des actifs numériques de recherche
    - [DOI Handbook](https://doi.org/10.1000/182)
  - URI: Uniform Resource Identifier: 
    - Pour tout ce qui est accessible sur le web
    - Inclus tous les fichiers et pages web
    - S'applique aussi à des concepts et des entités.
    - Fondement du web sémantique (web 3.0)
- Métadonnées
  - Plus elles sont détaillées, plus elles renseignent les moteurs de recherche
    - [Schema.org](https://schema.org/): Guide de métadonnées et vocabulaires
    - [Wikidata](https://www.wikidata.org/): Un exemple de structure
- Indexation
  - Dépôts de données
    - [Borealis](https://borealisdata.ca/)
    - [Dataverse](https://dataverse.org/)
  - Moteurs de recherche
    - [Google Datasets](https://datasetsearch.research.google.com/)

### **A**ccessible (accessible)

- Métadonnées
  - Normalisées
  - Identifiant unique
  - Licence d'utilisation
    - [Open Database License](https://opendatacommons.org/licenses/odbl/)
    - [Creative Commons License](https://creativecommons.org/share-your-work/cclicenses/)
  - Protocole d'accès aux métadonnées
    - Caractéristiques
      - Libre: Aucune restriction d'usage
      - Ouvert: Documenté
      - Universel: Utilisable avec plusieurs médias
    - Permission: Authentification et Autorisation
    - Exemples: HTTPS, FTP, Courriel, Téléphone, Poste
- Indépendantes des données
  - Si les données expirent ou on reçoit une demande de suppression
  - Sensibilité des données (confidentiel)

### **I**nteroperable (interoperable)

- Représentation des connaissances
  - Formalisé
  - Accessible
  - Partagé
  - Applicables à plusieurs contextes
- Vocabulaire
  - Ontologies
  - FAIR aussi
- Références
  - Identifiants uniques
- Toile de données
  - LOD: Linked Open Data
- Concerne les données et les métadonnées

### **R**eusable (réutilisable)

- Description riche
- Source
  - Références
  - Lignage
  - Code informatique
  - Encodage
- Normes de pratique du domaine

## Pourquoi appliquer les principes FAIR

### Qualité

- Augmenter la qualité des données de recherche

### Revalorisation

- Créer des collections de données de recherche

### Pérennité

- Assurer la pérennité des résultats de recherche et des publications.
- Reproductibilité
- Autonomie dans l'usage de données de recherche

### Méta-analyses

- L'interopérabilité permet de faire des méta-analyses sans devoir convertir les données dans d'autres formats ou trouver des équivalences de vocabulaire

### Cycle de vie

- Aider les chercheur.es à organiser leurs données tout au long du cycle de vie
- Gestion des consentements
- Facilite l'élaboration de plan de gestion de données
- Mise à jour des résultats

### Transparence

- Favoriser la reddition de compte et la demande de financement public
- Augmenter la valeur et l'impact à long terme de la recherche
  - Réduire les rétractations
  - Opinion publique

## Références

- Wilkinson, M. D. et al. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. Sci. Data 3:160018 doi: https://dx.doi.org/10.1038/sdata.2016.18 (2016).
- Open Knowledge Foundation. Définition du Savoir Libre. Version: 1.1 https://opendefinition.org/od/1.1/fr/
- Go FAIR. FAIR Principles
   https://www.go-fair.org/fair-principles/
- OpenAIRE. How to make your data FAIR. https://www.openaire.eu/how-to-make-your-data-fair
Version initiale de la présentation 2023-11-13 04:05:20 +00:00			`---`
			`author: François Pelletier`
			`title: Les principes FAIR`
			`date: 28 novembre 2023`
			`---`
Initial commit 2023-11-12 20:06:59 +00:00
Version initiale de la présentation 2023-11-13 04:05:20 +00:00			`# Les principes FAIR`

			`## Objectif`

			`Rendre les données de recherche réutilisables par les individus et les machines.`

			`## Enjeux actuels avec les données`

			`### Données massives`

			`- Volume`
			`- Variété`
			`- Vélocité`
			`- Véracité`
			`- Valeur`

			`![donnees-massives.png](donnees-massives.png)`

			`### Complexité des données`

			`- Multidisciplinaires`
			`- Méthodes et instruments complexes`
			`- Logiciels et matériel requis`
			`- Environnement légal et éthique`

			`### Trouver ce qui existe déjà`

			`- Trouver un article: 🎯`
			`- Télécharger l'article: 📚, 💸 ou 🐦‍⬛`
			`- Trouver les données qui vont avec: 🧗`
			`- Ouvrir les données: 🤡`

			`### Déplacer et stocker les données`

			`À l'Université Laval, nous avons:`

			`- Médias physiques: Livres, Microfiches, VHS, Disques`
			`- Serveurs: Sites web, FTP, GLOBUS, S3, GitLab, Subversion`
			`- Logiciels partagés Microsoft 365: SharePoint, Teams, ...`

			`## Que signifie FAIR ?`

			`- Findable (découvrable)`
			`- Accessible (accessible)`
			`- Interoperable (interoperable)`
			`- Reusable (réutilisable)`

			`### Définitions formelles`
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Version initiale de la présentation 2023-11-13 04:05:20 +00:00			`- FAIR a été défini par Wilkinson, M. D. et al. (2016)`
			`- Le concept d'Open Data est défini par l'Open Knowledge Foundation, via la Définition du Savoir Libre.`
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Version initiale de la présentation 2023-11-13 04:05:20 +00:00			`## Qu'est-ce qui est concerné ?`
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Version initiale de la présentation 2023-11-13 04:05:20 +00:00			`Tous les actifs numériques produits par des activités de recherche`
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Version initiale de la présentation 2023-11-13 04:05:20 +00:00			`- Données quantitatives et qualitatives`
			`- Figures`
			`- Multimédia`
			`- Texte`
			`- Code informatique`
			`- Protocole de recherche`
			`- Plans et instructions de fabrication`
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Version initiale de la présentation 2023-11-13 04:05:20 +00:00			`## Les 4 lettres`
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Version initiale de la présentation 2023-11-13 04:05:20 +00:00			`### Findable (découvrable)`
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Version initiale de la présentation 2023-11-13 04:05:20 +00:00			`- Identifiant unique`
			`- DOI: Digital object identifier`
			`- Pour des actifs numériques de recherche`
			`- [DOI Handbook](https://doi.org/10.1000/182)`
			`- URI: Uniform Resource Identifier:`
			`- Pour tout ce qui est accessible sur le web`
			`- Inclus tous les fichiers et pages web`
			`- S'applique aussi à des concepts et des entités.`
			`- Fondement du web sémantique (web 3.0)`
			`- Métadonnées`
			`- Plus elles sont détaillées, plus elles renseignent les moteurs de recherche`
			`- [Schema.org](https://schema.org/): Guide de métadonnées et vocabulaires`
			`- [Wikidata](https://www.wikidata.org/): Un exemple de structure`
			`- Indexation`
			`- Dépôts de données`
			`- [Borealis](https://borealisdata.ca/)`
			`- [Dataverse](https://dataverse.org/)`
			`- Moteurs de recherche`
			`- [Google Datasets](https://datasetsearch.research.google.com/)`
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Version initiale de la présentation 2023-11-13 04:05:20 +00:00			`### Accessible (accessible)`
Initial commit 2023-11-12 20:06:59 +00:00
Version initiale de la présentation 2023-11-13 04:05:20 +00:00			`- Métadonnées`
			`- Normalisées`
			`- Identifiant unique`
			`- Licence d'utilisation`
			`- [Open Database License](https://opendatacommons.org/licenses/odbl/)`
			`- [Creative Commons License](https://creativecommons.org/share-your-work/cclicenses/)`
			`- Protocole d'accès aux métadonnées`
			`- Caractéristiques`
			`- Libre: Aucune restriction d'usage`
			`- Ouvert: Documenté`
			`- Universel: Utilisable avec plusieurs médias`
			`- Permission: Authentification et Autorisation`
			`- Exemples: HTTPS, FTP, Courriel, Téléphone, Poste`
			`- Indépendantes des données`
			`- Si les données expirent ou on reçoit une demande de suppression`
			`- Sensibilité des données (confidentiel)`

			`### Interoperable (interoperable)`

			`- Représentation des connaissances`
			`- Formalisé`
			`- Accessible`
			`- Partagé`
			`- Applicables à plusieurs contextes`
			`- Vocabulaire`
			`- Ontologies`
			`- FAIR aussi`
			`- Références`
			`- Identifiants uniques`
			`- Toile de données`
			`- LOD: Linked Open Data`
			`- Concerne les données et les métadonnées`

			`### Reusable (réutilisable)`

			`- Description riche`
			`- Source`
			`- Références`
			`- Lignage`
			`- Code informatique`
			`- Encodage`
			`- Normes de pratique du domaine`

			`## Pourquoi appliquer les principes FAIR`

			`### Qualité`

			`- Augmenter la qualité des données de recherche`

			`### Revalorisation`

			`- Créer des collections de données de recherche`

			`### Pérennité`

			`- Assurer la pérennité des résultats de recherche et des publications.`
			`- Reproductibilité`
			`- Autonomie dans l'usage de données de recherche`

			`### Méta-analyses`

			`- L'interopérabilité permet de faire des méta-analyses sans devoir convertir les données dans d'autres formats ou trouver des équivalences de vocabulaire`

			`### Cycle de vie`

			`- Aider les chercheur.es à organiser leurs données tout au long du cycle de vie`
			`- Gestion des consentements`
			`- Facilite l'élaboration de plan de gestion de données`
			`- Mise à jour des résultats`

			`### Transparence`

			`- Favoriser la reddition de compte et la demande de financement public`
			`- Augmenter la valeur et l'impact à long terme de la recherche`
			`- Réduire les rétractations`
			`- Opinion publique`

			`## Références`

			`- Wilkinson, M. D. et al. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. Sci. Data 3:160018 doi: https://dx.doi.org/10.1038/sdata.2016.18 (2016).`
			`- Open Knowledge Foundation. Définition du Savoir Libre. Version: 1.1 https://opendefinition.org/od/1.1/fr/`
			`- Go FAIR. FAIR Principles`
			`https://www.go-fair.org/fair-principles/`
			`- OpenAIRE. How to make your data FAIR. https://www.openaire.eu/how-to-make-your-data-fair`