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README.md

@@ -3,6 +3,11 @@ author: François Pelletier
 title: Les principes FAIR
 date: 28 novembre 2023
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+  data-background-image: bg-cover.jpg
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 ---
 
 ## Les principes FAIR
@@ -20,15 +25,7 @@ Rendre les données de recherche réutilisables par les individus et les machine
 
 ## Données massives
 
-![donnees-massives.drawio.svg](donnees-massives.drawio.svg){ height=512px }\ 
+![- Volume - Variété - Vélocité - Véracité - Valeur](donnees-massives.drawio.svg "Les 5 V des données massives"){ height=512px }\
-
-## Données massives
-
-- Volume
-- Variété
-- Vélocité
-- Véracité
-- Valeur
 
 ## Complexité des données
 
@@ -57,30 +54,26 @@ Rendre les données de recherche réutilisables par les individus et les machine
 
 ## Déplacer et stocker les données
 
-À l'Université Laval, nous avons:
-
 - Médias physiques: Livres, Microfiches, VHS, Disques 🦣︎
   - Enjeu de dégradation des supports
-- Serveurs: Sites web, FTP, GLOBUS, S3, GitLab, Subversion 🖥︎
-  - Enjeux d'accès, permissions ...
 - Logiciels partagés Microsoft 365: SharePoint, Teams, ... 🌩︎
-  - Enjeu de persistance et d'authenticité
+  - Enjeu de pérennité et d'authenticité
+  - Risque de fouillis
+
+## Déplacer et stocker les données
+
+- Serveurs: VALERIA, Alliance (Calcul Canada), SFTP, GLOBUS, S3, GitLab, Pixel/Subversion 🖥︎
+  - Enjeux d'accès, permissions, complexité ... ça s'apprend, mais c'est moins intuitif !
+  - En savoir plus après aujourd'hui !
 
 ## Que signifie FAIR ?
 
-![Principes FAIR.drawio.svg](Principes%20FAIR.drawio.svg){ height=512px }\ 
+![Findable, Accessible, Interoperable, Reusable dans un diagramme de Venn. L'intersection est FAIR](Principes%20FAIR.drawio.svg){ height=512px }\ 
-
-## Que signifie FAIR ?
-
-- **F**indable (découvrable)
-- **A**ccessible (accessible)
-- **I**nteroperable (interoperable)
-- **R**eusable (réutilisable)
 
 ## Définitions formelles
 
 - FAIR a été défini par [Wilkinson, M. D. et al. (2016)](https://www.nature.com/articles/sdata201618)
-- Le concept d'Open Data est défini par l'Open Knowledge Foundation, via la [Définition du Savoir Libre](https://opendefinition.org/od/1.1/fr/).
+- [Définition du Savoir Libre](https://opendefinition.org/od/1.1/fr/) qui a inspiré FAIR, par l'Open Knowledge Foundation.
 
 ## Qu'est-ce qui est concerné par FAIR?
 
@@ -132,32 +125,32 @@ Tous les actifs numériques produits par des activités de recherche
     - [Data World](https://data.world/) - Dépôt de données commercial
     - [Kaggle](https://www.kaggle.com/) - Données de concours, la documentation et les métadonnées peuvent être limitées
 
-## Accessible (accessible)
+## Accessible
 
 - Métadonnées
-  - Normalisées
+  - **Normalisées** (j'y reviens)
-  - Identifiant unique
+  - Identifiant **unique** (URI, mentionné ci-haut)
-  - Licence d'utilisation
+  - **Licence** d'utilisation
     - [Open Database License](https://opendatacommons.org/licenses/odbl/)
     - [Creative Commons License](https://creativecommons.org/share-your-work/cclicenses/)
 
-## Accessible (accessible)
+## Accessible
 
 - Protocole d'accès aux métadonnées
   - Caractéristiques
-    - Libre: Aucune restriction d'usage
+    - **Libre**: Aucune restriction d'usage
-    - Ouvert: Documenté
+    - **Ouvert**: Documenté
-    - Universel: Utilisable avec plusieurs médias
+    - **Universel**: Utilisable avec plusieurs médias
   - Permission: Authentification et Autorisation
   - Exemples: HTTPS, FTP, Courriel, Téléphone, Poste
 
-## Accessible (accessible)
+## Accessible
 
 - Métadonnées indépendantes des données
-  - Si les données expirent ou on reçoit une demande de suppression
+  - Si les données expirent ou on reçoit une demande de suppression, les métadonnées gardent trace
-  - Sensibilité des données (confidentiel)
+  - Publiques (si les données sont confidentielles)
 
-## Interoperable (interoperable)
+## Interoperable
 
 - Représentation des connaissances
   - Formalisé
@@ -165,37 +158,41 @@ Tous les actifs numériques produits par des activités de recherche
   - Partagé
   - Applicables à plusieurs contextes
 
-## Interoperable (interoperable)
+## Interoperable
+
+![crayola-excel.png](crayola-excel.png)
+
+## Interoperable
+
+- Formats de données ouverts
+  - [Référentiel général d'interopérabilité (France)](https://www.numerique.gouv.fr/publications/interoperabilite/)
+  - CSV, JSON, XML, formats spécialisés (DICOM en médecine)
+  - Dites non aux fichiers Excel "Crayola" [Junk Charts](https://junkcharts.typepad.com/junk_charts/)
+
+## Interoperable
+
+![langfr-800px-Taxonomic_hierarchy.svg.png](langfr-800px-Taxonomic_hierarchy.svg.png){ height=512px }\
+
+## Interoperable
 
 - Vocabulaire
-  -  (vient de la biologie, utilisé dans d'autres sciences)
+  - Taxonomie (vient de la biologie, utilisé dans d'autres sciences)
   - Ontologies
     - [BioPortal](https://bioportal.bioontology.org/ontologies)
     - [EU Semantic Interoperability Catalogue](https://joinup.ec.europa.eu/collection/eu-semantic-interoperability-catalogue)
     - [Logiciel Protégé](https://protege.stanford.edu/)
   - FAIR aussi (récursivité)
-
+    - Enjeu souvent rencontré, le papier existe, l'ontologie n'a jamais été publiée 😭
-## Interoperable (interoperable)
-
-![langfr-800px-Taxonomic_hierarchy.svg.png](langfr-800px-Taxonomic_hierarchy.svg.png){ height=512px }\ 
-
-## Interoperable (interoperable)
-
-- Références
-  - Identifiants uniques
-- Toile de données
-  - Linked Data <https://www.w3.org/DesignIssues/LinkedData.html>
-- Concerne les données et les métadonnées
 
 ## Reusable (réutilisable)
 
 - Description riche
-  - Pourquoi les données ont été collectées
+  - **Pourquoi** les données ont été collectées
-  - Enjeux et limitations des données
+  - **Enjeux et limitations** des données
-  - Dates, conditions, personnel, paramètres de collecte
+  - **Dates, conditions, personnel, paramètres** de collecte
-  - Données brutes ou traitées
+  - Données **brutes ou traitées**
-  - Expliquer les noms des variables (si pas dans un vocabulaire contrôlé)
+  - **Expliquer les noms des variables** (si pas dans un vocabulaire contrôlé)
-  - Version des données
+  - Version
 
 ## Reusable (réutilisable)
 
@@ -224,12 +221,10 @@ Tous les actifs numériques produits par des activités de recherche
 ## Qualité des données
 
 - Augmenter la qualité des données de recherche
-  - Données complètes
+  - Données complètes et intègres
-  - Intégrité des données
   - Sources vérifiables
-  - Éliminer la duplication
   - Validité (domaines de valeurs)
-  - Temporalité (âge des données)
+  - Temporalité (cycle de vie, on y revient)
 
 ## Revalorisation
 
@@ -247,40 +242,26 @@ Tous les actifs numériques produits par des activités de recherche
 
 ## Cycle de vie
 
-![Cycle de vie des données.drawio.svg](Cycle%20de%20vie%20des%20donn%C3%A9es.drawio.svg){ height=512px }\ 
+![Génération, Collecte, Traitement, Entreposage, Gestion, Analyse, Visualisation, Interprétation](Cycle%20de%20vie%20des%20donn%C3%A9es.drawio.svg "Cycle de vie des données"){ height=512px }\ 
 
 ## Cycle de vie
 
-- Génération
+- Gestion de projet
-- Collecte
+- Gestion des consentements (gouvernance)
-- Traitement
-- Entreposage
-- Gestion
-- Analyse
-- Visualisation
-- Interprétation
-
-## Cycle de vie
-
-- Aider les chercheur.es à organiser leurs données tout au long du cycle de vie
-- Gestion des consentements
 - Facilite l'élaboration de plan de gestion de données
-- Mise à jour des résultats
+- Facilite la mise à jour des résultats (automatisation)
 
 ## Transparence
 
 - Favoriser la reddition de compte et la demande de financement public
 - Augmenter la valeur et l'impact à long terme de la recherche
   - Réduire les rétractations
-  - Opinion publique
+  - Améliorer l'opinion publique et l'acceptabilité sociale (surtout avec les données médicales, ex: Cancer)
 
 ## Références
 
 - Wilkinson, M. D. et al. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. Sci. Data 3:160018 doi: <https://dx.doi.org/10.1038/sdata.2016.18> (2016).
 - Open Knowledge Foundation. Définition du Savoir Libre. Version: 1.1 <https://opendefinition.org/od/1.1/fr/>
-
-## Références
-
 - Go FAIR. FAIR Principles
    <https://www.go-fair.org/fair-principles/>
 - OpenAIRE. How to make your data FAIR. <https://www.openaire.eu/how-to-make-your-data-fair>

ulaval-ppr-principes-fair.html

@@ -36,7 +36,7 @@
   <div class="reveal">
     <div class="slides">
 
-<section id="title-slide">
+<section id="title-slide" data-background-image="bg-cover.jpg" data-background-size="contain">
   <h1 class="title">Les principes FAIR</h1>
   <p class="author">François Pelletier</p>
   <p class="date">28 novembre 2023</p>
@@ -61,18 +61,10 @@ les machines.</p>
 </section>
 <section id="données-massives" class="slide level2">
 <h2>Données massives</h2>
-<p><img data-src="donnees-massives.drawio.svg" height="512"
+<p><img data-src="donnees-massives.drawio.svg"
-alt="donnees-massives.drawio.svg" /> </p>
+title="Les 5 V des données massives" height="512"
-</section>
+alt="- Volume - Variété - Vélocité - Véracité - Valeur" /><br />
-<section id="données-massives-1" class="slide level2">
+</p>
-<h2>Données massives</h2>
-<ul>
-<li class="fragment">Volume</li>
-<li class="fragment">Variété</li>
-<li class="fragment">Vélocité</li>
-<li class="fragment">Véracité</li>
-<li class="fragment">Valeur</li>
-</ul>
 </section>
 <section id="complexité-des-données" class="slide level2">
 <h2>Complexité des données</h2>
@@ -117,38 +109,36 @@ Scholar</a></li>
 </section>
 <section id="déplacer-et-stocker-les-données" class="slide level2">
 <h2>Déplacer et stocker les données</h2>
-<p>À l’Université Laval, nous avons:</p>
 <ul>
 <li class="fragment">Médias physiques: Livres, Microfiches, VHS, Disques
 🦣︎
 <ul>
 <li class="fragment">Enjeu de dégradation des supports</li>
 </ul></li>
-<li class="fragment">Serveurs: Sites web, FTP, GLOBUS, S3, GitLab,
-Subversion 🖥︎
-<ul>
-<li class="fragment">Enjeux d’accès, permissions …</li>
-</ul></li>
 <li class="fragment">Logiciels partagés Microsoft 365: SharePoint,
 Teams, … 🌩︎
 <ul>
-<li class="fragment">Enjeu de persistance et d’authenticité</li>
+<li class="fragment">Enjeu de pérennité et d’authenticité</li>
+<li class="fragment">Risque de fouillis</li>
+</ul></li>
+</ul>
+</section>
+<section id="déplacer-et-stocker-les-données-1" class="slide level2">
+<h2>Déplacer et stocker les données</h2>
+<ul>
+<li class="fragment">Serveurs: VALERIA, Alliance (Calcul Canada), SFTP,
+GLOBUS, S3, GitLab, Pixel/Subversion 🖥︎
+<ul>
+<li class="fragment">Enjeux d’accès, permissions, complexité … ça
+s’apprend, mais c’est moins intuitif !</li>
+<li class="fragment">En savoir plus après aujourd’hui !</li>
 </ul></li>
 </ul>
 </section>
 <section id="que-signifie-fair" class="slide level2">
 <h2>Que signifie FAIR ?</h2>
 <p><img data-src="Principes%20FAIR.drawio.svg" height="512"
-alt="Principes FAIR.drawio.svg" /> </p>
+alt="Findable, Accessible, Interoperable, Reusable dans un diagramme de Venn. L’intersection est FAIR" /> </p>
-</section>
-<section id="que-signifie-fair-1" class="slide level2">
-<h2>Que signifie FAIR ?</h2>
-<ul>
-<li class="fragment"><strong>F</strong>indable (découvrable)</li>
-<li class="fragment"><strong>A</strong>ccessible (accessible)</li>
-<li class="fragment"><strong>I</strong>nteroperable (interoperable)</li>
-<li class="fragment"><strong>R</strong>eusable (réutilisable)</li>
-</ul>
 </section>
 <section id="définitions-formelles" class="slide level2">
 <h2>Définitions formelles</h2>
@@ -156,10 +146,9 @@ alt="Principes FAIR.drawio.svg" /> </p>
 <li class="fragment">FAIR a été défini par <a
 href="https://www.nature.com/articles/sdata201618">Wilkinson, M. D. et
 al. (2016)</a></li>
-<li class="fragment">Le concept d’Open Data est défini par l’Open
+<li class="fragment"><a
-Knowledge Foundation, via la <a
 href="https://opendefinition.org/od/1.1/fr/">Définition du Savoir
-Libre</a>.</li>
+Libre</a> qui a inspiré FAIR, par l’Open Knowledge Foundation.</li>
 </ul>
 </section>
 <section id="quest-ce-qui-est-concerné-par-fair" class="slide level2">
@@ -262,9 +251,10 @@ limitées</li>
 <ul>
 <li class="fragment">Métadonnées
 <ul>
-<li class="fragment">Normalisées</li>
+<li class="fragment"><strong>Normalisées</strong> (j’y reviens)</li>
-<li class="fragment">Identifiant unique</li>
+<li class="fragment">Identifiant <strong>unique</strong> (URI, mentionné
-<li class="fragment">Licence d’utilisation
+ci-haut)</li>
+<li class="fragment"><strong>Licence</strong> d’utilisation
 <ul>
 <li class="fragment"><a
 href="https://opendatacommons.org/licenses/odbl/">Open Database
@@ -283,9 +273,11 @@ Commons License</a></li>
 <ul>
 <li class="fragment">Caractéristiques
 <ul>
-<li class="fragment">Libre: Aucune restriction d’usage</li>
+<li class="fragment"><strong>Libre</strong>: Aucune restriction
-<li class="fragment">Ouvert: Documenté</li>
+d’usage</li>
-<li class="fragment">Universel: Utilisable avec plusieurs médias</li>
+<li class="fragment"><strong>Ouvert</strong>: Documenté</li>
+<li class="fragment"><strong>Universel</strong>: Utilisable avec
+plusieurs médias</li>
 </ul></li>
 <li class="fragment">Permission: Authentification et Autorisation</li>
 <li class="fragment">Exemples: HTTPS, FTP, Courriel, Téléphone,
@@ -299,8 +291,9 @@ Poste</li>
 <li class="fragment">Métadonnées indépendantes des données
 <ul>
 <li class="fragment">Si les données expirent ou on reçoit une demande de
-suppression</li>
+suppression, les métadonnées gardent trace</li>
-<li class="fragment">Sensibilité des données (confidentiel)</li>
+<li class="fragment">Publiques (si les données sont
+confidentielles)</li>
 </ul></li>
 </ul>
 </section>
@@ -318,11 +311,39 @@ suppression</li>
 </section>
 <section id="interoperable-interoperable-1" class="slide level2">
 <h2>Interoperable (interoperable)</h2>
+<figure>
+<img data-src="crayola-excel.png" alt="crayola-excel.png" />
+<figcaption aria-hidden="true">crayola-excel.png</figcaption>
+</figure>
+</section>
+<section id="interoperable-interoperable-2" class="slide level2">
+<h2>Interoperable (interoperable)</h2>
+<ul>
+<li class="fragment">Formats de données ouverts
+<ul>
+<li class="fragment"><a
+href="https://www.numerique.gouv.fr/publications/interoperabilite/">Référentiel
+général d’interopérabilité (France)</a></li>
+<li class="fragment">CSV, JSON, XML, formats spécialisés (DICOM en
+médecine)</li>
+<li class="fragment">Dites non aux fichiers Excel “Crayola” <a
+href="https://junkcharts.typepad.com/junk_charts/">Junk Charts</a></li>
+</ul></li>
+</ul>
+</section>
+<section id="interoperable-interoperable-3" class="slide level2">
+<h2>Interoperable (interoperable)</h2>
+<p><img data-src="langfr-800px-Taxonomic_hierarchy.svg.png" height="512"
+alt="langfr-800px-Taxonomic_hierarchy.svg.png" /><br />
+</p>
+</section>
+<section id="interoperable-interoperable-4" class="slide level2">
+<h2>Interoperable (interoperable)</h2>
 <ul>
 <li class="fragment">Vocabulaire
 <ul>
-<li class="fragment">(vient de la biologie, utilisé dans d’autres
+<li class="fragment">Taxonomie (vient de la biologie, utilisé dans
-sciences)</li>
+d’autres sciences)</li>
 <li class="fragment">Ontologies
 <ul>
 <li class="fragment"><a
@@ -333,29 +354,12 @@ Semantic Interoperability Catalogue</a></li>
 <li class="fragment"><a href="https://protege.stanford.edu/">Logiciel
 Protégé</a></li>
 </ul></li>
-<li class="fragment">FAIR aussi (récursivité)</li>
+<li class="fragment">FAIR aussi (récursivité)
-</ul></li>
-</ul>
-</section>
-<section id="interoperable-interoperable-2" class="slide level2">
-<h2>Interoperable (interoperable)</h2>
-<p><img data-src="langfr-800px-Taxonomic_hierarchy.svg.png" height="512"
-alt="langfr-800px-Taxonomic_hierarchy.svg.png" /> </p>
-</section>
-<section id="interoperable-interoperable-3" class="slide level2">
-<h2>Interoperable (interoperable)</h2>
 <ul>
-<li class="fragment">Références
+<li class="fragment">Enjeu souvent rencontré, le papier existe,
-<ul>
+l’ontologie n’a jamais été publiée 😭</li>
-<li class="fragment">Identifiants uniques</li>
 </ul></li>
-<li class="fragment">Toile de données
-<ul>
-<li class="fragment">Linked Data <a
-href="https://www.w3.org/DesignIssues/LinkedData.html"
-class="uri">https://www.w3.org/DesignIssues/LinkedData.html</a></li>
 </ul></li>
-<li class="fragment">Concerne les données et les métadonnées</li>
 </ul>
 </section>
 <section id="reusable-réutilisable" class="slide level2">
@@ -363,14 +367,16 @@ class="uri">https://www.w3.org/DesignIssues/LinkedData.html</a></li>
 <ul>
 <li class="fragment">Description riche
 <ul>
-<li class="fragment">Pourquoi les données ont été collectées</li>
+<li class="fragment"><strong>Pourquoi</strong> les données ont été
-<li class="fragment">Enjeux et limitations des données</li>
+collectées</li>
-<li class="fragment">Dates, conditions, personnel, paramètres de
+<li class="fragment"><strong>Enjeux et limitations</strong> des
-collecte</li>
+données</li>
-<li class="fragment">Données brutes ou traitées</li>
+<li class="fragment"><strong>Dates, conditions, personnel,
-<li class="fragment">Expliquer les noms des variables (si pas dans un
+paramètres</strong> de collecte</li>
-vocabulaire contrôlé)</li>
+<li class="fragment">Données <strong>brutes ou traitées</strong></li>
-<li class="fragment">Version des données</li>
+<li class="fragment"><strong>Expliquer les noms des variables</strong>
+(si pas dans un vocabulaire contrôlé)</li>
+<li class="fragment">Version</li>
 </ul></li>
 </ul>
 </section>
@@ -417,12 +423,10 @@ class="slide level2">
 <ul>
 <li class="fragment">Augmenter la qualité des données de recherche
 <ul>
-<li class="fragment">Données complètes</li>
+<li class="fragment">Données complètes et intègres</li>
-<li class="fragment">Intégrité des données</li>
 <li class="fragment">Sources vérifiables</li>
-<li class="fragment">Éliminer la duplication</li>
 <li class="fragment">Validité (domaines de valeurs)</li>
-<li class="fragment">Temporalité (âge des données)</li>
+<li class="fragment">Temporalité (cycle de vie, on y revient)</li>
 </ul></li>
 </ul>
 </section>
@@ -452,30 +456,18 @@ trouver des équivalences de vocabulaire</li>
 <section id="cycle-de-vie" class="slide level2">
 <h2>Cycle de vie</h2>
 <p><img data-src="Cycle%20de%20vie%20des%20donn%C3%A9es.drawio.svg"
-height="512" alt="Cycle de vie des données.drawio.svg" /> </p>
+title="Cycle de vie des données" height="512"
+alt="Génération, Collecte, Traitement, Entreposage, Gestion, Analyse, Visualisation, Interprétation" /> </p>
 </section>
 <section id="cycle-de-vie-1" class="slide level2">
 <h2>Cycle de vie</h2>
 <ul>
-<li class="fragment">Génération</li>
+<li class="fragment">Gestion de projet</li>
-<li class="fragment">Collecte</li>
+<li class="fragment">Gestion des consentements (gouvernance)</li>
-<li class="fragment">Traitement</li>
-<li class="fragment">Entreposage</li>
-<li class="fragment">Gestion</li>
-<li class="fragment">Analyse</li>
-<li class="fragment">Visualisation</li>
-<li class="fragment">Interprétation</li>
-</ul>
-</section>
-<section id="cycle-de-vie-2" class="slide level2">
-<h2>Cycle de vie</h2>
-<ul>
-<li class="fragment">Aider les chercheur.es à organiser leurs données
-tout au long du cycle de vie</li>
-<li class="fragment">Gestion des consentements</li>
 <li class="fragment">Facilite l’élaboration de plan de gestion de
 données</li>
-<li class="fragment">Mise à jour des résultats</li>
+<li class="fragment">Facilite la mise à jour des résultats
+(automatisation)</li>
 </ul>
 </section>
 <section id="transparence" class="slide level2">
@@ -487,7 +479,8 @@ financement public</li>
 recherche
 <ul>
 <li class="fragment">Réduire les rétractations</li>
-<li class="fragment">Opinion publique</li>
+<li class="fragment">Améliorer l’opinion publique et l’acceptabilité
+sociale (surtout avec les données médicales, ex: Cancer)</li>
 </ul></li>
 </ul>
 </section>
@@ -501,11 +494,6 @@ class="uri">https://dx.doi.org/10.1038/sdata.2016.18</a> (2016).</li>
 <li class="fragment">Open Knowledge Foundation. Définition du Savoir
 Libre. Version: 1.1 <a href="https://opendefinition.org/od/1.1/fr/"
 class="uri">https://opendefinition.org/od/1.1/fr/</a></li>
-</ul>
-</section>
-<section id="références-1" class="slide level2">
-<h2>Références</h2>
-<ul>
 <li class="fragment">Go FAIR. FAIR Principles <a
 href="https://www.go-fair.org/fair-principles/"
 class="uri">https://www.go-fair.org/fair-principles/</a></li>
@@ -678,6 +666,12 @@ class="uri">https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/</a>.</p>
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+        // Parallax background image
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