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François Pelletier | Les principes FAIR | 28 novembre 2023 | false | bg-slide.jpg | contain |
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Les principes FAIR
Objectif
Rendre les données de recherche réutilisables par les individus et les machines.
Enjeux actuels avec les données
- Données massives
- Complexité des données
- Trouver ce qui existe déjà
- Déplacer et stocker les données
Données massives
Complexité des données
- Multidisciplinaires
- Méthodes et instruments complexes
- Logiciels et matériel requis
- Environnement légal et éthique
Trouver ce qui existe déjà
- Trouver un article
- Bibliothèque: Sofia 🎯
- Google Scholar
- arXiv
- Télécharger l'article
- Bibliothèque 📚,
- Payer 💸
- 🐦⬛
Trouver ce qui existe déjà
- Trouver les données qui vont avec:
- Pas évident 🧗
- Ouvrir les données:
- Surprise 🤡
Déplacer et stocker les données
- Médias physiques: Livres, Microfiches, VHS, Disques 🦣︎
- Enjeu de dégradation des supports
- Logiciels partagés Microsoft 365: SharePoint, Teams, ... 🌩︎
- Enjeu de pérennité et d'authenticité
- Risque de fouillis
Déplacer et stocker les données
- Serveurs: VALERIA, Alliance (Calcul Canada), SFTP, GLOBUS, S3, GitLab, Pixel/Subversion 🖥︎
- Enjeux d'accès, permissions, complexité ... ça s'apprend, mais c'est moins intuitif !
- En savoir plus après aujourd'hui !
Que signifie FAIR ?
Définitions formelles
- FAIR a été défini par Wilkinson, M. D. et al. (2016)
- Définition du Savoir Libre qui a inspiré FAIR, par l'Open Knowledge Foundation.
Qu'est-ce qui est concerné par FAIR?
Tous les actifs numériques produits par des activités de recherche
- Données quantitatives et qualitatives
- Figures
- Multimédia
- Texte
- Code informatique
- Protocole de recherche
- Plans et instructions de fabrication
Findable (découvrable)
- Identifiant unique
- DOI: Digital object identifier
- Pour des actifs numériques de recherche
- DOI Handbook
- URI: Uniform Resource Identifier:
- Pour tout ce qui est accessible sur le web
- Inclus tous les fichiers et pages web
- S'applique aussi à des concepts et des entités.
- Fondement du web sémantique (web 3.0)
- DOI: Digital object identifier
Findable (découvrable)
- Métadonnées
- Plus elles sont détaillées, plus elles renseignent les moteurs de recherche
- Schema.org: Guide de métadonnées et vocabulaires
- Wikidata: Un exemple de structure
- DataCite
- Plus elles sont détaillées, plus elles renseignent les moteurs de recherche
Findable (découvrable)
- Indexation
Findable (découvrable)
- Indexation
- Moteurs de recherche
- Plateformes grand public
- Data World - Dépôt de données commercial
- Kaggle - Données de concours, la documentation et les métadonnées peuvent être limitées
Accessible
- Métadonnées
- Normalisées (j'y reviens)
- Identifiant unique (URI, mentionné ci-haut)
- Licence d'utilisation
Accessible
- Protocole d'accès aux métadonnées
- Caractéristiques
- Libre: Aucune restriction d'usage
- Ouvert: Documenté
- Universel: Utilisable avec plusieurs médias
- Permission: Authentification et Autorisation
- Exemples: HTTPS, FTP, Courriel, Téléphone, Poste
- Caractéristiques
Accessible
- Métadonnées indépendantes des données
- Si les données expirent ou on reçoit une demande de suppression, les métadonnées gardent trace
- Publiques (si les données sont confidentielles)
Interoperable
- Représentation des connaissances
- Formalisé
- Accessible
- Partagé
- Applicables à plusieurs contextes
Interoperable
Interoperable
- Formats de données ouverts
- Référentiel général d'interopérabilité (France)
- CSV, JSON, XML, formats spécialisés (DICOM en médecine)
- Dites non aux fichiers Excel "Crayola" Junk Charts
Interoperable
Interoperable
- Vocabulaire
- Taxonomie (vient de la biologie, utilisé dans d'autres sciences)
- Ontologies
- FAIR aussi (récursivité)
- Enjeu souvent rencontré, le papier existe, l'ontologie n'a jamais été publiée 😭
Reusable (réutilisable)
- Description riche
- Pourquoi les données ont été collectées
- Enjeux et limitations des données
- Dates, conditions, personnel, paramètres de collecte
- Données brutes ou traitées
- Expliquer les noms des variables (si pas dans un vocabulaire contrôlé)
- Version
Reusable (réutilisable)
- Licence d'utilisation claire et accessible (interopérabilité légale)
- Source
- Références
- Lignage (qui, quand, comment, avec quoi)
- Code informatique de traitement
- Encodage (ISO-8859-1, UTF-8 ...)
Reusable (réutilisable)
- Normes de pratique du domaine
- Schémas de métadonnées
- Mentionner quel standard suivent les données
- Schémas de métadonnées
Pourquoi appliquer les principes FAIR
- Qualité des données
- Revalorisation
- Pérennité
- Méta-analyses
- Cycle de vie
- Transparence
Qualité des données
- Augmenter la qualité des données de recherche
- Données complètes et intègres
- Sources vérifiables
- Validité (domaines de valeurs)
- Temporalité (cycle de vie, on y revient)
Revalorisation
- Créer des collections de données de recherche
Pérennité
- Assurer la pérennité des résultats de recherche et des publications.
- Reproductibilité
- Autonomie dans l'usage de données de recherche
Méta-analyses
- L'interopérabilité permet de faire des méta-analyses sans devoir convertir les données dans d'autres formats ou trouver des équivalences de vocabulaire
Cycle de vie
Cycle de vie
- Gestion de projet
- Gestion des consentements (gouvernance)
- Facilite l'élaboration de plan de gestion de données
- Facilite la mise à jour des résultats (automatisation)
Transparence
- Favoriser la reddition de compte et la demande de financement public
- Augmenter la valeur et l'impact à long terme de la recherche
- Réduire les rétractations
- Améliorer l'opinion publique et l'acceptabilité sociale (surtout avec les données médicales, ex: Cancer)
Références
- Wilkinson, M. D. et al. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. Sci. Data 3:160018 doi: https://dx.doi.org/10.1038/sdata.2016.18 (2016).
- Open Knowledge Foundation. Définition du Savoir Libre. Version: 1.1 https://opendefinition.org/od/1.1/fr/
- Go FAIR. FAIR Principles https://www.go-fair.org/fair-principles/
- OpenAIRE. How to make your data FAIR. https://www.openaire.eu/how-to-make-your-data-fair
Licence
Les principes FAIR (c) par François Pelletier
Les principes FAIR est disponible sous la licence Creative Commons Attribution 4.0 International License. Vous devriez avoir reçu une copie de la licence avec cette oeuvre. Sinon, voir https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/.