2023-11-13 04:05:20 +00:00
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author: François Pelletier
title: Les principes FAIR
date: 28 novembre 2023
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## Les principes FAIR
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## Objectif
Rendre les données de recherche réutilisables par les individus et les machines.
## Enjeux actuels avec les données
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- Données massives
- Complexité des données
- Trouver ce qui existe déjà
- Déplacer et stocker les données
## Données massives
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![- Volume - Variété - Vélocité - Véracité - Valeur ](donnees-massives.drawio.svg "Les 5 V des données massives" ){ height=512px }\
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## Complexité des données
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- Multidisciplinaires
- Méthodes et instruments complexes
- Logiciels et matériel requis
- Environnement légal et éthique
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## Trouver ce qui existe déjà
- Trouver un article
- Bibliothèque: [Sofia ](https://www.bibl.ulaval.ca/ ) 🎯
- [Google Scholar ](https://scholar.google.ca/ )
- [arXiv ](https://arxiv.org/ )
- Télécharger l'article
- Bibliothèque 📚,
- Payer 💸
- 🐦⬛
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## Trouver ce qui existe déjà
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- Trouver les données qui vont avec:
- Pas évident 🧗
- Ouvrir les données:
- Surprise 🤡
## Déplacer et stocker les données
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- Médias physiques: Livres, Microfiches, VHS, Disques 🦣︎
- Enjeu de dégradation des supports
- Logiciels partagés Microsoft 365: SharePoint, Teams, ... 🌩︎
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- Enjeu de pérennité et d'authenticité
- Risque de fouillis
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## Déplacer et stocker les données
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- Serveurs: VALERIA, Alliance (Calcul Canada), SFTP, GLOBUS, S3, GitLab, Pixel/Subversion 🖥︎
- Enjeux d'accès, permissions, complexité ... ça s'apprend, mais c'est moins intuitif !
- En savoir plus après aujourd'hui !
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## Que signifie FAIR ?
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![Findable, Accessible, Interoperable, Reusable dans un diagramme de Venn. L'intersection est FAIR ](Principes%20FAIR.drawio.svg ){ height=512px }\
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## Définitions formelles
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- FAIR a été défini par [Wilkinson, M. D. et al. (2016) ](https://www.nature.com/articles/sdata201618 )
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- [Définition du Savoir Libre ](https://opendefinition.org/od/1.1/fr/ ) qui a inspiré FAIR, par l'Open Knowledge Foundation.
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## Qu'est-ce qui est concerné par FAIR?
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Tous les actifs numériques produits par des activités de recherche
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- Données quantitatives et qualitatives
- Figures
- Multimédia
- Texte
- Code informatique
- Protocole de recherche
- Plans et instructions de fabrication
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## Findable (découvrable)
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- Identifiant unique
- DOI: Digital object identifier
- Pour des actifs numériques de recherche
- [DOI Handbook ](https://doi.org/10.1000/182 )
- URI: Uniform Resource Identifier:
- Pour tout ce qui est accessible sur le web
- Inclus tous les fichiers et pages web
- S'applique aussi à des concepts et des entités.
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- Fondement du [web sémantique (web 3.0) ](https://www.w3.org/2001/sw/ )
## Findable (découvrable)
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- Métadonnées
- Plus elles sont détaillées, plus elles renseignent les moteurs de recherche
- [Schema.org ](https://schema.org/ ): Guide de métadonnées et vocabulaires
- [Wikidata ](https://www.wikidata.org/ ): Un exemple de structure
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- [DataCite ](https://schema.datacite.org/ )
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## Findable (découvrable)
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- Indexation
- Dépôts de données
- [Borealis ](https://borealisdata.ca/ )
- [Dataverse ](https://dataverse.org/ )
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- [Zenodo ](https://zenodo.org/ )
- [CKAN ](https://ckan.org/ ) - À installer sur son propre serveur. Utilisé dans plusieurs gouvernements dont le Canada, le Québec et la Ville de Montréal.
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## Findable (découvrable)
- Indexation
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- Moteurs de recherche
- [Google Datasets ](https://datasetsearch.research.google.com/ )
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- Plateformes grand public
- [Data World ](https://data.world/ ) - Dépôt de données commercial
- [Kaggle ](https://www.kaggle.com/ ) - Données de concours, la documentation et les métadonnées peuvent être limitées
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## Accessible
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- Métadonnées
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- **Normalisées** (j'y reviens)
- Identifiant **unique** (URI, mentionné ci-haut)
- **Licence** d'utilisation
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- [Open Database License ](https://opendatacommons.org/licenses/odbl/ )
- [Creative Commons License ](https://creativecommons.org/share-your-work/cclicenses/ )
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## Accessible
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- Protocole d'accès aux métadonnées
- Caractéristiques
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- **Libre**: Aucune restriction d'usage
- **Ouvert**: Documenté
- **Universel**: Utilisable avec plusieurs médias
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- Permission: Authentification et Autorisation
- Exemples: HTTPS, FTP, Courriel, Téléphone, Poste
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## Accessible
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- Métadonnées indépendantes des données
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- Si les données expirent ou on reçoit une demande de suppression, les métadonnées gardent trace
- Publiques (si les données sont confidentielles)
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## Interoperable
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- Représentation des connaissances
- Formalisé
- Accessible
- Partagé
- Applicables à plusieurs contextes
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## Interoperable
![crayola-excel.png ](crayola-excel.png )
## Interoperable
- Formats de données ouverts
- [Référentiel général d'interopérabilité (France) ](https://www.numerique.gouv.fr/publications/interoperabilite/ )
- CSV, JSON, XML, formats spécialisés (DICOM en médecine)
- Dites non aux fichiers Excel "Crayola" [Junk Charts ](https://junkcharts.typepad.com/junk_charts/ )
## Interoperable
![langfr-800px-Taxonomic_hierarchy.svg.png ](langfr-800px-Taxonomic_hierarchy.svg.png ){ height=512px }\
## Interoperable
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- Vocabulaire
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- Taxonomie (vient de la biologie, utilisé dans d'autres sciences)
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- Ontologies
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- [BioPortal ](https://bioportal.bioontology.org/ontologies )
- [EU Semantic Interoperability Catalogue ](https://joinup.ec.europa.eu/collection/eu-semantic-interoperability-catalogue )
- [Logiciel Protégé ](https://protege.stanford.edu/ )
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- FAIR aussi (récursivité)
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- Enjeu souvent rencontré, le papier existe, l'ontologie n'a jamais été publiée 😭
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## Reusable (réutilisable)
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- Description riche
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- **Pourquoi** les données ont été collectées
- **Enjeux et limitations** des données
- **Dates, conditions, personnel, paramètres** de collecte
- Données **brutes ou traitées**
- **Expliquer les noms des variables** (si pas dans un vocabulaire contrôlé)
- Version
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## Reusable (réutilisable)
- Licence d'utilisation claire et accessible (interopérabilité légale)
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- Source
- Références
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- Lignage (qui, quand, comment, avec quoi)
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- Code informatique de traitement
- Encodage (ISO-8859-1, UTF-8 ...)
## Reusable (réutilisable)
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- Normes de pratique du domaine
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- Schémas de métadonnées
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- Mentionner quel standard suivent les données
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## Pourquoi appliquer les principes FAIR
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- Qualité des données
- Revalorisation
- Pérennité
- Méta-analyses
- Cycle de vie
- Transparence
## Qualité des données
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- Augmenter la qualité des données de recherche
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- Données complètes et intègres
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- Sources vérifiables
- Validité (domaines de valeurs)
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- Temporalité (cycle de vie, on y revient)
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## Revalorisation
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- Créer des collections de données de recherche
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## Pérennité
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- Assurer la pérennité des résultats de recherche et des publications.
- Reproductibilité
- Autonomie dans l'usage de données de recherche
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## Méta-analyses
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- L'interopérabilité permet de faire des méta-analyses sans devoir convertir les données dans d'autres formats ou trouver des équivalences de vocabulaire
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## Cycle de vie
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![Génération, Collecte, Traitement, Entreposage, Gestion, Analyse, Visualisation, Interprétation ](Cycle%20de%20vie%20des%20donn%C3%A9es.drawio.svg "Cycle de vie des données" ){ height=512px }\
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## Cycle de vie
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- Gestion de projet
- Gestion des consentements (gouvernance)
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- Facilite l'élaboration de plan de gestion de données
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- Facilite la mise à jour des résultats (automatisation)
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## Transparence
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- Favoriser la reddition de compte et la demande de financement public
- Augmenter la valeur et l'impact à long terme de la recherche
- Réduire les rétractations
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- Améliorer l'opinion publique et l'acceptabilité sociale (surtout avec les données médicales, ex: Cancer)
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## Références
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- Wilkinson, M. D. et al. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. Sci. Data 3:160018 doi: < https: // dx . doi . org / 10 . 1038 / sdata . 2016 . 18 > (2016).
- Open Knowledge Foundation. Définition du Savoir Libre. Version: 1.1 < https: // opendefinition . org / od / 1 . 1 / fr />
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- Go FAIR. FAIR Principles
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< https: / / www . go-fair . org / fair-principles / >
- OpenAIRE. How to make your data FAIR. < https: // www . openaire . eu / how-to-make-your-data-fair >
## Licence
Les principes FAIR (c) par François Pelletier
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Les principes FAIR est disponible sous la licence Creative Commons Attribution 4.0 International License. Vous devriez avoir reçu une copie de la licence avec cette oeuvre. Sinon, voir < https: / / creativecommons . org / licenses / by / 4 . 0 / > .