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author: François Pelletier
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title: Les principes FAIR
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date: 28 novembre 2023
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parallaxBackgroundImage: bg-slide.jpg
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title-slide-attributes:
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## Les principes FAIR
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## Objectif
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Rendre les données de recherche réutilisables par les individus et les machines.
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## Enjeux actuels avec les données
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- Données massives
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- Complexité des données
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- Trouver ce qui existe déjà
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- Déplacer et stocker les données
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## Données massives
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{ height=512px }\
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## Complexité des données
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- Multidisciplinaires
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- Méthodes et instruments complexes
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- Logiciels et matériel requis
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- Environnement légal et éthique
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## Trouver ce qui existe déjà
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- Trouver un article
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- Bibliothèque: [Sofia](https://www.bibl.ulaval.ca/) 🎯
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- [Google Scholar](https://scholar.google.ca/)
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- [arXiv](https://arxiv.org/)
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- Télécharger l'article
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- Bibliothèque 📚,
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- Payer 💸
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- 🐦⬛
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## Trouver ce qui existe déjà
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- Trouver les données qui vont avec:
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- Pas évident 🧗
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- Ouvrir les données:
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- Surprise 🤡
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## Déplacer et stocker les données
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- Médias physiques: Livres, Microfiches, VHS, Disques 🦣︎
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- Enjeu de dégradation des supports
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- Logiciels partagés Microsoft 365: SharePoint, Teams, ... 🌩︎
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- Enjeu de pérennité et d'authenticité
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- Risque de fouillis
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## Déplacer et stocker les données
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- Serveurs: VALERIA, Alliance (Calcul Canada), SFTP, GLOBUS, S3, GitLab, Pixel/Subversion 🖥︎
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- Enjeux d'accès, permissions, complexité ... ça s'apprend, mais c'est moins intuitif !
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- En savoir plus après aujourd'hui !
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## Que signifie FAIR ?
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{ height=512px }\
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## Définitions formelles
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- FAIR a été défini par [Wilkinson, M. D. et al. (2016)](https://www.nature.com/articles/sdata201618)
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- [Définition du Savoir Libre](https://opendefinition.org/od/1.1/fr/) qui a inspiré FAIR, par l'Open Knowledge Foundation.
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## Qu'est-ce qui est concerné par FAIR?
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Tous les actifs numériques produits par des activités de recherche
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- Données quantitatives et qualitatives
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- Figures
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- Multimédia
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- Texte
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- Code informatique
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- Protocole de recherche
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- Plans et instructions de fabrication
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## Findable (découvrable)
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- Identifiant unique
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- DOI: Digital object identifier
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- Pour des actifs numériques de recherche
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- [DOI Handbook](https://doi.org/10.1000/182)
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- URI: Uniform Resource Identifier:
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- Pour tout ce qui est accessible sur le web
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- Inclus tous les fichiers et pages web
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- S'applique aussi à des concepts et des entités.
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- Fondement du [web sémantique (web 3.0)](https://www.w3.org/2001/sw/)
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## Findable (découvrable)
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- Métadonnées
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- Plus elles sont détaillées, plus elles renseignent les moteurs de recherche
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- [Schema.org](https://schema.org/): Guide de métadonnées et vocabulaires
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- [Wikidata](https://www.wikidata.org/): Un exemple de structure
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- [DataCite](https://schema.datacite.org/)
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## Findable (découvrable)
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- Indexation
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- Dépôts de données
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- [Borealis](https://borealisdata.ca/)
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- [Dataverse](https://dataverse.org/)
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- [Zenodo](https://zenodo.org/)
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- [CKAN](https://ckan.org/) - À installer sur son propre serveur. Utilisé dans plusieurs gouvernements dont le Canada, le Québec et la Ville de Montréal.
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## Findable (découvrable)
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- Indexation
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- Moteurs de recherche
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- [Google Datasets](https://datasetsearch.research.google.com/)
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- Plateformes grand public
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- [Data World](https://data.world/) - Dépôt de données commercial
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- [Kaggle](https://www.kaggle.com/) - Données de concours, la documentation et les métadonnées peuvent être limitées
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## Accessible
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- Métadonnées
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- **Normalisées** (j'y reviens)
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- Identifiant **unique** (URI, mentionné ci-haut)
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- **Licence** d'utilisation
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- [Open Database License](https://opendatacommons.org/licenses/odbl/)
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- [Creative Commons License](https://creativecommons.org/share-your-work/cclicenses/)
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## Accessible
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- Protocole d'accès aux métadonnées
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- Caractéristiques
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- **Libre**: Aucune restriction d'usage
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- **Ouvert**: Documenté
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- **Universel**: Utilisable avec plusieurs médias
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- Permission: Authentification et Autorisation
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- Exemples: HTTPS, FTP, Courriel, Téléphone, Poste
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## Accessible
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- Métadonnées indépendantes des données
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- Si les données expirent ou on reçoit une demande de suppression, les métadonnées gardent trace
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- Publiques (si les données sont confidentielles)
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## Interoperable
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- Représentation des connaissances
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- Formalisé
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- Accessible
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- Partagé
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- Applicables à plusieurs contextes
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## Interoperable
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## Interoperable
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- Formats de données ouverts
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- [Référentiel général d'interopérabilité (France)](https://www.numerique.gouv.fr/publications/interoperabilite/)
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- CSV, JSON, XML, formats spécialisés (DICOM en médecine)
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- Dites non aux fichiers Excel "Crayola" [Junk Charts](https://junkcharts.typepad.com/junk_charts/)
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## Interoperable
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{ height=512px }\
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## Interoperable
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- Vocabulaire
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- Taxonomie (vient de la biologie, utilisé dans d'autres sciences)
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- Ontologies
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- [BioPortal](https://bioportal.bioontology.org/ontologies)
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- [EU Semantic Interoperability Catalogue](https://joinup.ec.europa.eu/collection/eu-semantic-interoperability-catalogue)
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- [Logiciel Protégé](https://protege.stanford.edu/)
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- FAIR aussi (récursivité)
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- Enjeu souvent rencontré, le papier existe, l'ontologie n'a jamais été publiée 😭
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## Reusable (réutilisable)
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- Description riche
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- **Pourquoi** les données ont été collectées
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- **Enjeux et limitations** des données
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- **Dates, conditions, personnel, paramètres** de collecte
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- Données **brutes ou traitées**
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- **Expliquer les noms des variables** (si pas dans un vocabulaire contrôlé)
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- Version
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## Reusable (réutilisable)
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- Licence d'utilisation claire et accessible (interopérabilité légale)
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- Source
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- Références
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- Lignage (qui, quand, comment, avec quoi)
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- Code informatique de traitement
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- Encodage (ISO-8859-1, UTF-8 ...)
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## Reusable (réutilisable)
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- Normes de pratique du domaine
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- Schémas de métadonnées
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- Mentionner quel standard suivent les données
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## Pourquoi appliquer les principes FAIR
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- Qualité des données
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- Revalorisation
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- Pérennité
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- Méta-analyses
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- Cycle de vie
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- Transparence
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## Qualité des données
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- Augmenter la qualité des données de recherche
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- Données complètes et intègres
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- Sources vérifiables
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- Validité (domaines de valeurs)
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- Temporalité (cycle de vie, on y revient)
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## Revalorisation
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- Créer des collections de données de recherche
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## Pérennité
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- Assurer la pérennité des résultats de recherche et des publications.
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- Reproductibilité
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- Autonomie dans l'usage de données de recherche
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## Méta-analyses
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- L'interopérabilité permet de faire des méta-analyses sans devoir convertir les données dans d'autres formats ou trouver des équivalences de vocabulaire
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## Cycle de vie
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{ height=512px }\
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## Cycle de vie
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- Gestion de projet
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- Gestion des consentements (gouvernance)
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- Facilite l'élaboration de plan de gestion de données
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- Facilite la mise à jour des résultats (automatisation)
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## Transparence
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- Favoriser la reddition de compte et la demande de financement public
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- Augmenter la valeur et l'impact à long terme de la recherche
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- Réduire les rétractations
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- Améliorer l'opinion publique et l'acceptabilité sociale (surtout avec les données médicales, ex: Cancer)
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## Références
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- Wilkinson, M. D. et al. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. Sci. Data 3:160018 doi: <https://dx.doi.org/10.1038/sdata.2016.18> (2016).
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- Open Knowledge Foundation. Définition du Savoir Libre. Version: 1.1 <https://opendefinition.org/od/1.1/fr/>
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- Go FAIR. FAIR Principles
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<https://www.go-fair.org/fair-principles/>
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- OpenAIRE. How to make your data FAIR. <https://www.openaire.eu/how-to-make-your-data-fair>
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## Licence
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Les principes FAIR (c) par François Pelletier
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Les principes FAIR est disponible sous la licence Creative Commons Attribution 4.0 International License. Vous devriez avoir reçu une copie de la licence avec cette oeuvre. Sinon, voir <https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/>. |