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Recherche universitaire et outils libres	François Pelletier	23 avril 2026

Comment la recherche académique peut-elle demeurer reproductible si elle dépend de technologies privatives ?

Introduction

Lors de cet atelier, François Pelletier présentera son expérience d'accompagnement et de collaboration académique à partir d’alternatives numériques libres. Plateformes de travail collaboratif, partage de documents, communications internes : quels outils choisir ? Quels ajustements prévoir ? Cet atelier s’adresse aux équipes de recherche et aux milieux universitaires qui souhaitent développer des pratiques cohérentes avec leurs valeurs d’autonomie numérique et de souveraineté technologique.

Contenu de l'atelier

• Objectif : présenter des outils libres et open source utiles en recherche (rédaction, données, calcul, communication).
• Pour chaque logiciel : description synthétique, concurrents, avantage/inconvénient, et considérations d'adoption.
• Public visé : chercheurs, ingénieurs, bibliothécaires et administrateurs planifiant une migration vers des solutions open source.

Overleaf (Aperçu)

Overleaf (Description)

Outil de rédaction collaborative avec LaTeX.

• Mon expérience: Utilisé comme professionnel de recherche à l'Université Laval pour un article en collaboration avec 15 auteurs.
• Ressenti: On retrouve la fluidité de Google Docs, mais avec la puissance de la syntaxe LaTeX.
• Remplace :
  • Authorea
  • Google Docs
  • Scientific Word
• Avantage : Collaboration LaTeX en temps réel, pas besoin d'installer LaTeX localement
• Inconvénient : Forfait gratuit limité, autohébergement plus complexe. Apprentissage de LaTeX nécessaire

Draw.io (Aperçu)

Draw.io (Description)

Éditeur de diagrammes accessible en ligne ou en application.

• Mon expérience : C'est devenu un standard de facto. Les bibliothèques d'images couvrent presque tous les besoins en informatique
• Mon ressenti : C'est un outil très polyvalent pour différents besoins de vectoriel basés sur une grille (organigrammes, diagrammes de flux, UML, etc.)
• Remplace :
  • Microsoft Visio
  • Lucidchart
  • yEd
• Avantage : Multiplateforme, export facile, disponible en SaaS, bureau ou auto-hébergé
• Inconvénient : Moins d'intégrations avancées que des solutions payantes

Freeplane (Aperçu)

Freeplane (Description)

Logiciel de mindmapping pour structurer des idées.

• Mon expérience : J'ai structuré tout mon mémoire de maîtrise (2011-2014) avec cet outil.
• Remplace :
  • XMind
  • MindMeister
  • MindManager
• Avantage : Structuration avancée et personnalisation des cartes
• Inconvénient : Interface vieillissante (Java), peu d'options mobiles et pas de collaboration temps réel

GitLab (Aperçu)

GitLab (Description)

Plateforme de gestion de code source et d’intégration continue.

• Mon expérience : Outil central dans mon emploi précédent de professionnel de recherche, utilisé pour héberger des projets de code, gérer les versions et automatiser les pipelines CI/CD dans OpenShift.
• Remplace :
  • GitHub
  • Bitbucket
• Avantage : Déploiement auto-hébergé possible et CI/CD intégrée
• Inconvénient : Maintenance serveur et ressources requises pour l'auto-hébergement. Syntaxe CI/CD différente de GitHub Actions

OpenShift (Aperçu)

OpenShift (Description)

Plateforme de conteneurs pour déploiement et orchestration.

• Mon expérience : Fondation de l'infrastructure PARADIM que j'ai codéveloppée pour l'ingénierie de données et l'entraînement de modèles en imagerie médicale.
• Ressenti : Un gain de temps énorme pour les infrastructures complexes qui doivent "scaler".
• Remplace :
  • Kubernetes
  • Docker Swarm
  • Rancher
• Avantage : Plateforme complète avec intégrations d'entreprise et support
• Inconvénient : Complexité d'installation et opérationnelle en mode auto-hébergé
• À considérer : Formation DevOps, adaptation des workflows et risques de verrouillage

Jupyter Lab et Notebook (Aperçu)

Jupyter Lab et Notebook (Description)

Environnement interactif pour coder, documenter et visualiser des analyses.

• Mon expérience : Excellent pour l'exploration de données, mais à éviter pour la programmation orientée objet sophistiquée.
• Ressenti : Très convivial pour ceux qui ne sont pas à l'aise avec la ligne de commande.
  • RStudio
  • MATLAB Live Editor
  • Apache Zeppelin
• Avantage : Polyvalence, large écosystème d'extensions et kernels
• Inconvénient : Installation complexe, pas de versionnage de code natif, et peut encourager de mauvaises pratiques de développement

R et le tidyverse (Aperçu)

R et le tidyverse (Description)

Ensemble d’outils pour l’analyse de données et les statistiques.

• Mon expérience : Permet de créer des workflows reproductibles, du nettoyage des données brutes jusqu'à l'analyse finale.
• Remplace avantageusement SAS ou SPSS en offrant beaucoup plus de flexibilité.
• Remplace :
  • Python (pandas, numpy)
  • SAS
  • SPSS
• Avantage : Analyse statistique avancée et écosystème riche (tidyverse)
• Inconvénient : Moins répandu en entreprise dans certains secteurs
• À considérer : Plan de formation et portage des scripts existants

Doccano (Aperçu)

Doccano (Description)

Interface web pour annotation de texte et création de jeux de données.

• Mon expérience : Accélère considérablement "le bout de plate en recherche" qu'est l'étiquetage manuel avant d'entraîner un algorithme.
• Remplace :
  • Prodigy
  • brat
  • LightTag
• Avantage : Open source avec interface web simple pour l'annotation collaborative
• Inconvénient : Intégrations et fonctionnalités avancées moins développées que des outils commerciaux
• À considérer : Processus d'exportation des annotations et gestion des comptes/utilisateurs

Slurm (Aperçu)

Slurm (Description)

Orchestrateur de jobs pour calcul haute performance.

• Mon expérience : Incontournable sur les grappes de Calcul Québec ou de l'Alliance numérique du Canada.
• Remplace :
  • PBS
  • LSF
  • Grid Engine
• Avantage : Standard HPC très répandu et robuste pour la gestion de jobs
• Inconvénient : Courbe d'apprentissage pour l'administration et les usagers (Apptainer, MPI, scripts). Nécessite une infrastructure de calcul dédiée.

Nextcloud (Aperçu)

Nextcloud (Description)

Solution de partage, synchronisation et collaboration de fichiers auto-hébergée.

• Mon expérience: Se repositionne dans le marché après être devenu trop lourd grâce à une réécriture. Bonne alternative à SharePoint.
• Remplace :
  • OneDrive / SharePoint
  • Google Drive
  • Dropbox
• Avantage : Hébergement local possible, chiffrement et nombreuses extensions (collaboration, calendar, talk)
• Inconvénient : Maintenance et administration du serveur; gestion du stockage
• À considérer : Plan de migration des fichiers, quotas, sauvegardes et authentification

Zotero (Aperçu)

Zotero (Description)

Gestionnaire de références bibliographiques et de citations.

• Mon expérience : Extension de navigateur indispensable pour extraire automatiquement les métadonnées et télécharger les articles en un clic.
• Remplace :
  • Mendeley
  • EndNote
  • RefWorks
• Avantage : Logiciel libre, synchronisation et gestion des références simple
• Inconvénient : Moins d'outils collaboratifs avancés intégrés que certaines plateformes commerciales
• À considérer : Migration des bibliothèques, installation de plugins et conventions d'usage

Zenodo (Aperçu)

Zenodo (Description)

Dépôt de données de recherche qui attribue des DOI.

• Mon expérience : Zenodo est parfait pour obtenir un DOI unique pour chaque artefact (données, rapports).
• Remplace :
  • Figshare
  • OSF
  • Dryad
• Avantage : Plateforme gratuite pour chercheurs avec attribution DOI automatique
• Inconvénient : Limite de taille par fichier et politiques institutionnelles à vérifier
• À considérer : Politique de métadonnées et formats de dépôt à standardiser

Dataverse (Aperçu)

Dataverse (Description)

Plateforme institutionnelle pour gérer et publier des ensembles de données.

• Mon expérience : Je n'ai pas eu l'occasion de l'utiliser, mais il a été exploré comme solution de dépôt de données dans mon emploi précédent.
• Remplace :
  • CKAN
  • OSF
  • Zenodo
• Avantage : Gestion fine des métadonnées et contrôles pour dépôts institutionnels
• Inconvénient : Interface relativement moins intuitive pour les non-spécialistes
• À considérer : Formation des équipes et intégration avec les systèmes institutionnels

OJS / OPS (Aperçu)

OJS / OPS (Description)

Système de gestion de revues scientifiques et de workflows éditoriaux.

• Remplace :
  • Scholastica
  • Editorial Manager
  • Janeway
• Avantage : Solution complète de gestion éditoriale libre (soumissions, peer review)
• Inconvénient : Demande de l'administration, de la modération et de la maintenance technique sur une base continue

Mattermost (Aperçu)

Mattermost (Description)

Messagerie collaborative auto-hébergée pour les équipes.

• Mon expérience : J'ai administré une communauté de recherche en données de santé sur cet outil.
• Ressenti : Interface presque identique à Slack, mais avec le contrôle des données, important pour faire des archives et contrôler la confidentialité.
• Remplace :
  • Slack
  • Rocket.Chat
  • Microsoft Teams
• Avantage : Hébergement local, API ouverte et contrôle des données
• Inconvénient : Moins d'intégrations tierces clés que Slack ou Teams
• À considérer : Migration des historiques depuis Slack possible, gestion des comptes et modération nécessaires.

Jitsi Meet (Aperçu)

Jitsi Meet (Description)

Solution de visioconférence libre et auto-hébergée.

• Mon expérience : L'expérience est excellente jusqu'à 30-40 personnes.
• Ressenti : C'est ce qui ressemble le plus à Zoom sans avoir besoin de compte pour rejoindre.
• Remplace :
  • Zoom
  • BigBlueButton
  • Google Meet
• Avantage : Solution libre pour visioconférence, pas de compte nécessaire pour rejoindre
• Inconvénient : Qualité vidéo dépend fortement de l'infrastructure serveur; fonctions avancées limitées (transcription, enregistrement centralisé)
• À considérer : Dimensionnement serveur, configuration réseau.

Conclusion

Les logiciels libres offrent des solutions viables pour la création de documents, la gestion de données, le calcul scientifique et la communication en recherche. Leur adoption nécessite planification, formation et ressources pour la maintenance.

Avantages:

• Autonomie et souveraineté numérique
• Contrôle des coûts
• Meilleure reproductibilité

Inconvénients:

• Courbe d'apprentissage
• Maintenance technique
• Intégration avec les outils existants

Conditions de succès:

• Formation et accompagnement
• Migration des données et des workflows
• Support technique et communauté active
• Personnel dédié pour la maintenance

Ressources et liens

Logiciel	Description	URL
Overleaf	Rédaction collaborative LaTeX en ligne	https://www.overleaf.com/
Draw.io	Éditeur de diagrammes	https://www.drawio.com/
Freeplane	Logiciel de mindmapping	https://www.freeplane.org/
GitLab	Gestion de code et CI/CD	https://about.gitlab.com/
OpenShift / OKD	Plateforme de conteneurs et orchestration	https://www.redhat.com/fr/technologies/cloud-computing/openshift / https://www.okd.io/
Jupyter	Environnement interactif d'analyse et de code	https://jupyter.org/
R / tidyverse	Analyse statistique et manipulation de données	https://www.r-project.org/ / https://www.tidyverse.org/
Doccano	Annotation de texte et création de jeux de données	https://doccano.github.io/doccano/
Slurm	Orchestrateur de jobs pour calcul haute performance	https://slurm.schedmd.com/
Nextcloud	Partage et synchronisation de fichiers auto-hébergé	https://nextcloud.com/
Zotero	Gestionnaire de références bibliographiques	https://www.zotero.org/
Zenodo	Dépôt de données de recherche avec DOI	https://zenodo.org/
Dataverse	Plateforme institutionnelle de gestion de données	https://dataverse.org/
OJS / OPS	Gestion de revues scientifiques et workflows éditoriaux	https://pkp.sfu.ca/software/ojs/ / https://pkp.sfu.ca/software/ops/
Mattermost	Messagerie collaborative auto-hébergée	https://mattermost.com/
Jitsi Meet	Visioconférence libre et auto-hébergée	https://jitsi.org/