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François Pelletier	Les principes FAIR	28 novembre 2023	false	bg-slide.jpg	contain	data-background-image data-background-size bg-cover.jpg contain

Les principes FAIR

Objectif

Rendre les données de recherche réutilisables par les individus et les machines.

Enjeux actuels avec les données

• Données massives
• Complexité des données
• Trouver ce qui existe déjà
• Déplacer et stocker les données

Données massives

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Complexité des données

• Multidisciplinaires
• Méthodes et instruments complexes
• Logiciels et matériel requis
• Environnement légal et éthique

Trouver ce qui existe déjà

• Trouver un article
  • Bibliothèque: Sofia 🎯
  • Google Scholar
  • arXiv
• Télécharger l'article
  • Bibliothèque 📚,
  • Payer 💸
  • 🐦‍⬛

Trouver ce qui existe déjà

• Trouver les données qui vont avec:
  • Pas évident 🧗
• Ouvrir les données:
  • Surprise 🤡

Déplacer et stocker les données

• Médias physiques: Livres, Microfiches, VHS, Disques 🦣︎
  • Enjeu de dégradation des supports
• Logiciels partagés Microsoft 365: SharePoint, Teams, ... 🌩︎
  • Enjeu de pérennité et d'authenticité
  • Risque de fouillis

Déplacer et stocker les données

• Serveurs: VALERIA, Alliance (Calcul Canada), SFTP, GLOBUS, S3, GitLab, Pixel/Subversion 🖥︎
  • Enjeux d'accès, permissions, complexité ... ça s'apprend, mais c'est moins intuitif !
  • En savoir plus après aujourd'hui !

Que signifie FAIR ?

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Définitions formelles

• FAIR a été défini par Wilkinson, M. D. et al. (2016)
• Définition du Savoir Libre qui a inspiré FAIR, par l'Open Knowledge Foundation.

Qu'est-ce qui est concerné par FAIR?

Tous les actifs numériques produits par des activités de recherche

• Données quantitatives et qualitatives
• Figures
• Multimédia
• Texte
• Code informatique
• Protocole de recherche
• Plans et instructions de fabrication

Findable (découvrable)

• Identifiant unique
  • DOI: Digital object identifier
    • Pour des actifs numériques de recherche
    • DOI Handbook
  • URI: Uniform Resource Identifier:
    • Pour tout ce qui est accessible sur le web
    • Inclus tous les fichiers et pages web
    • S'applique aussi à des concepts et des entités.
    • Fondement du web sémantique (web 3.0)

Findable (découvrable)

• Métadonnées
  • Plus elles sont détaillées, plus elles renseignent les moteurs de recherche
    • Schema.org: Guide de métadonnées et vocabulaires
    • Wikidata: Un exemple de structure
    • DataCite

Findable (découvrable)

• Indexation
  • Dépôts de données
    • Borealis
    • Dataverse
    • Zenodo
    • CKAN - À installer sur son propre serveur. Utilisé dans plusieurs gouvernements dont le Canada, le Québec et la Ville de Montréal.

Findable (découvrable)

• Indexation
  • Moteurs de recherche
    • Google Datasets
  • Plateformes grand public
    • Data World - Dépôt de données commercial
    • Kaggle - Données de concours, la documentation et les métadonnées peuvent être limitées

Accessible

• Métadonnées
  • Normalisées (j'y reviens)
  • Identifiant unique (URI, mentionné ci-haut)
  • Licence d'utilisation
    • Open Database License
    • Creative Commons License

Accessible

• Protocole d'accès aux métadonnées
  • Caractéristiques
    • Libre: Aucune restriction d'usage
    • Ouvert: Documenté
    • Universel: Utilisable avec plusieurs médias
  • Permission: Authentification et Autorisation
  • Exemples: HTTPS, FTP, Courriel, Téléphone, Poste

Accessible

• Métadonnées indépendantes des données
  • Si les données expirent ou on reçoit une demande de suppression, les métadonnées gardent trace
  • Publiques (si les données sont confidentielles)

Interoperable

• Représentation des connaissances
  • Formalisé
  • Accessible
  • Partagé
  • Applicables à plusieurs contextes

Interoperable

Interoperable

• Formats de données ouverts
  • Référentiel général d'interopérabilité (France)
  • CSV, JSON, XML, formats spécialisés (DICOM en médecine)
  • Dites non aux fichiers Excel "Crayola" Junk Charts

Interoperable

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Interoperable

• Vocabulaire
  • Taxonomie (vient de la biologie, utilisé dans d'autres sciences)
  • Ontologies
    • BioPortal
    • EU Semantic Interoperability Catalogue
    • Logiciel Protégé
  • FAIR aussi (récursivité)
    • Enjeu souvent rencontré, le papier existe, l'ontologie n'a jamais été publiée 😭

Reusable (réutilisable)

• Description riche
  • Pourquoi les données ont été collectées
  • Enjeux et limitations des données
  • Dates, conditions, personnel, paramètres de collecte
  • Données brutes ou traitées
  • Expliquer les noms des variables (si pas dans un vocabulaire contrôlé)
  • Version

Reusable (réutilisable)

• Licence d'utilisation claire et accessible (interopérabilité légale)
• Source
  • Références
  • Lignage (qui, quand, comment, avec quoi)
  • Code informatique de traitement
  • Encodage (ISO-8859-1, UTF-8 ...)

Reusable (réutilisable)

• Normes de pratique du domaine
  • Schémas de métadonnées
    • Mentionner quel standard suivent les données

Pourquoi appliquer les principes FAIR

• Qualité des données
• Revalorisation
• Pérennité
• Méta-analyses
• Cycle de vie
• Transparence

Qualité des données

• Augmenter la qualité des données de recherche
  • Données complètes et intègres
  • Sources vérifiables
  • Validité (domaines de valeurs)
  • Temporalité (cycle de vie, on y revient)

Revalorisation

• Créer des collections de données de recherche

Pérennité

• Assurer la pérennité des résultats de recherche et des publications.
• Reproductibilité
• Autonomie dans l'usage de données de recherche

Méta-analyses

• L'interopérabilité permet de faire des méta-analyses sans devoir convertir les données dans d'autres formats ou trouver des équivalences de vocabulaire

Cycle de vie

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Cycle de vie

• Gestion de projet
• Gestion des consentements (gouvernance)
• Facilite l'élaboration de plan de gestion de données
• Facilite la mise à jour des résultats (automatisation)

Transparence

• Favoriser la reddition de compte et la demande de financement public
• Augmenter la valeur et l'impact à long terme de la recherche
  • Réduire les rétractations
  • Améliorer l'opinion publique et l'acceptabilité sociale (surtout avec les données médicales, ex: Cancer)

Références

• Wilkinson, M. D. et al. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. Sci. Data 3:160018 doi: https://dx.doi.org/10.1038/sdata.2016.18 (2016).
• Open Knowledge Foundation. Définition du Savoir Libre. Version: 1.1 https://opendefinition.org/od/1.1/fr/
• Go FAIR. FAIR Principles https://www.go-fair.org/fair-principles/
• OpenAIRE. How to make your data FAIR. https://www.openaire.eu/how-to-make-your-data-fair

Licence

Les principes FAIR (c) par François Pelletier

francois.pelletier.6@ulaval.ca

Les principes FAIR est disponible sous la licence Creative Commons Attribution 4.0 International License. Vous devriez avoir reçu une copie de la licence avec cette oeuvre. Sinon, voir https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/.